有人说与清代八旗驻军有关，其实不准确，其得名应与明代在此地设立的牧马场有关。据史料记载：明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关。在都司以下，军队的组织分为卫、所两级。每卫设指挥使一人为长官，大体上统兵5600人。卫以下再分为五个千户所（最早是每卫辖十个千户所，后改为五个），设千户为长官，统兵1120人。千户所以下再分为十个百户所，设百户，统兵为112人。在百户之下设总旗，每个总旗领小旗五，每小旗领军10人。

小旗”是明代军队中最基层的编制，很像军队中的“班”。为了给周边驻军提供战马，明朝在北京周边地区设有多处牧马草场和马房，其中西二旗、西三旗（往东还有东二旗、东三旗）一带就曾设置过。二旗为小旗两个，即20人，三旗为小旗三个，即30人。东西二旗和东西三旗人数为100人。那时候，这一带到处是青草茂盛的空旷之地，被分派到此牧马养马的官军，按照所编的小旗散布其间，于是便有了东二旗、东三旗、西二旗、西三旗等旗营，旗营与旗营之间相距不远。以后逐渐形成村落，多以当时小旗的编号和所处方位命名。而“西二旗”之称，就是当年西边的两个旗营驻军之地。