西二旗站采用双四边体造型，线条柔和，像鼓胀得很饱满的风箱。外立面采用膜结构，使用PTFE材料，具有良好的防污自洁性。

西二旗站主要公共空间通过利用室内外高差设置的半地下设备用房区，使整个车站主体部分位于基座之上，通过外立面膜结构手风琴状富有韵律的起伏褶皱而达到简洁、醒目的特点，优雅的外观效果。

西二旗站室内与车站建筑造型、材料和色彩等紧密结合，呈现出简洁、流畅、纯净的形态，使建筑的室内外均展现出面向未来的“新城”特征。

西二旗站车站建筑和室内采用一体化的设计，利用四边形几何元素，并运用“环境色、线路色、辨识色”的色彩体系，丰富车站内涵。

西二旗站为半地下一层、地上二层的4柱5跨车站，昌平线为高架侧式站台，13号线为地面侧式站台本，设计两线站台错层布置。站厅位于地面层，与13号线站台层位于同层。13号线站台与周边地面有高差，高差下部空间设置设备管理用房。地面入口厅分为南北两处，通过楼扶梯上至站厅层。站厅上层为昌平线站台层，东侧侧站台设有天桥，跨13号线轨行区，可到达13号线东侧站台。

西二旗站采用乘客流单向换乘方式，早高峰换乘时，通过昌平线换乘13号线的往西直门站方向客流，从昌平线西侧站台层楼扶梯下到两线共用付费区，可直接进入13号线站台乘车。晚高峰通过13号线换乘昌平线开往昌平西山口站方向的客流，从13号线东侧站台层楼扶梯上2层，通过天桥，直接进人昌平线站台乘车。

据2024年7月北京地铁官网显示，西二旗站首末班车时间如下表：

据2024年7月北京地铁官网显示，西二旗站服务设施位置如下：

据2024年7月北京地铁官网显示，西二旗站无障碍设施位置如下：

截至2018年6月，西二旗站早高峰出站客流量约为2.5万人/小时。

据2024年7月北京地铁官网显示，西二旗站换乘公交线路如下表：

由于西二旗站新站房周边环境特殊，施工工期紧，且施工期间必须确保13号线旧站、京包铁路的正常运营。需在不影响13号线正常运营的情况下，对西二旗站旧站房的设备、管线实施改移和系统倒接，其中主要涉及供电、通信、信号、FAS、APC等系统。

西二旗站新站房在施工中，运用了以下方法：

①西二旗站新站房13号线两侧的站台板设计采用悬挑结构，避免结构施工对路基产生扰动，影响运营安全，同时满足工期要求；

②为确保施工期间的运营安全，西二旗站新站房在13号线上、下行运营线路限界外设计了可拆除的防护棚，其整体考虑一定承重要求，减小风压，下方留有透气孔。

西二旗站为满足京包铁路电气化改造限界预留要求，同时使新站房13号线东侧站台宽度实现最大化，施工时，进一步优化了车站建筑外立面设计，采用了东、西不对称的外立面效果。

《京北畿甸清河镇》载：西二旗原为明代军屯世籍地，明嘉靖三十九年（1560年）刻本《京师五城坊巷胡同集》称“二旗营”，《光绪顺天府志》称“二奇村”（应为“二旗村”）。南邻安宁庄，北邻回龙观，村形长方，村中有南、北、中三条街道。

明朝迁都北京后，为防御被推翻的元代蒙古残余势力卷土重来，便在大规模修筑长城的同时，于长城沿线设置九个重镇，也称“九边”，其中在今的西二旗附近，在清河以北地区设有西二旗等牧马养马场。二旗为小旗两个，即20人。明代后期牧马养马场逐渐废弃，附近形成村落，便多以当时小旗的编号和所处方位命名。“西二旗”之称，即当年西边的两个旗营驻军之地。

2024年3月，为进一步满足中外游客的出行需求，北京地铁对车站工作人员开展英语专项培训，并在西二旗站等共8座车站试点配置了多语种翻译机，可支持中英日韩4国语言翻译，确保乘客无障碍畅通交流。