清真大寺历史上曾经多次遭到破坏，又不断修建，现存的建筑是1913年时重建，1946年时改建并扩建，1979年时又重修，是我国西北地区大清真寺之一。该寺建造雄奇，坐西面东，具有我国古典建筑和民族风格的建筑特点，雕梁彩檐、金碧辉煌，大殿内宽敞、高大、明亮，可以同时容纳3000多穆斯林进行礼拜。殿内和整个大寺处处都显得古朴雅致，庄严肃穆， 富有浓郁的伊斯兰特色，属省级文物保护单位。 该寺建造雄奇，与我国古代宫殿具有相同的风格和气魄，亦是雕梁彩檐、金碧辉煌，大殿内宽敞、高大、明亮，清净素雅，可以同时容纳3000人作礼拜，殿顶脊装有藏式鎏金宝瓶，为甘肃拉卜楞寺喇嘛所捐，为国内清真寺所仅见，大殿内的18根大柱为佑宁寺所赠。每当伊斯兰重大节日时，数以万计的穆斯林教徒聚集这里，举行隆重肃穆的宗教活动。东关清真大寺，不仅是广大穆斯林群众宗教活动场所，而且是伊斯兰经学研究的最高学府。民国以来，伊斯兰教伊赫瓦尼教派的创始人及其继承人，将该寺作为海乙寺(即中心寺)，培养造就了一大批伊斯兰教学者。甘青近千座清真寺的开学阿訇，由该寺选派或认可，因而在海内外享有声誉。