1928年4月，国民革命军北伐进逼京津；6月2日，张作霖撤回东北，途中在皇姑屯被日本人炸死，国民政府改“北京”为“北平”；同年，京师大学校改组为国立北平大学，医科改为国立北平大学医学院，由教育家徐诵明担任院长。

1937年，抗日战争全面爆发，平津沦陷；9月，国民政府教育部令国立北平大学、北平师范大学、北洋工学院迁移西安，组建西安临时大学；10月18日，国立西安临时大学医学院在西安通济坊成立，吴祥凤教授被任命为国立西安临时大学医学院院长。

1938年3月，日军进逼山西风陵渡，陕西门户潼关告急，西安临时大学不得已开始撤离西安，医学院被安置在南郑城内；4月，国民政府行政院将国立西安临时大学改名为国立西北联合大学，医学院和附属医院随之改名。

1939年8月，国民政府行政院决定再次改组西北联大，医学院独立设置为国立西北医学院。

1946年8月，国民政府教育部电令国立西北医学院并入国立西北大学，改称国立西北大学医学院，侯宗濂任院长，随国立西北大学迁设西安。

1949年5月20日，西安解放；24日，军管组进驻国立西北大学，同时派员接管医学院，成立临时院务委员会，侯宗濂任主任委员，张效宗为副主任委员，同时成立学生会，恢复医学院和附设医院的医疗教学秩序；8月4日，西安市军事管制委员会决定将陕西省立医学专科学校并入国立西北大学医学院。

1950年4月28日，西北军政委员会命令：接中央人民政府政务院教育部电，决定将国立西北大学医学院改为国立西北医学院，并以侯宗濂暂代院长之职，该院行政管理归西北军政委员会卫生部领导，医学院再度独立建制。

1956年，改称西安医学院。

1985年，更名为西安医科大学。

2000年4月，西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并，更名为西安交通大学医学院。

2012年6月，组建西安交通大学医学部；11月9日，被教育部、卫生部批准为第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。

2015年4月12日，发起成立西北医学教育联盟；10月17日，发起成立中国医学整合课程联盟。

2020年12月10日，入选医学“双一流”建设联盟理事单位；12月31日，发起成立西部医学教育联盟。

2022年7月13日，被教育部认定为高水平公共卫生学院建设高校。

截至2024年3月，学部下设8个教学实体单位，开设10个本科专业。

截至2024年3月，学部有教职工12200余名，其中具有高级专业技术职称者1980余人；师资队伍中有双聘院士12名，国家级人才40名，教育部创新团队2个，国家“百千万工程”人才4名，全国优秀教师4名，国家教学指导委员会副主任委员及委员15名，国家、省部级有突出贡献专家22名，省级教学名师12名，享受国务院政府特殊津贴专家221余名；有国家和省级优秀教学团队5个。

截至2024年10月，学部有博士后科研流动站6个，一级学科博士学位授权点8个，专业博士学位授权类别3个，一级学科硕士学位授权点8个，专业硕士学位授权类别6个。

截至2024年3月，学部有4个国家二级重点学科，25个国家临床重点专科，12个省级重点学科，12个省级优势学科，5个ESI全球前1%学科；在全国第四轮学科评估中，基础医学、临床医学、药学评估结果为B，生物学、护理学评估结果为B-，口腔医学、公共卫生与预防医学评估结果为C+，中西医结合评估结果为C-。

截至2024年3月，学部有国家级一流专业建设点8个，有12门国家级一流本科课程，53门国家、省、校级“精品课程”，3门国家级和省级双语示范课程。截至2021年12月，学部有基础学科拔尖学生培养计划2.0基地1个，国家级本科教学工程国家大学生校外实践基地2个，国家级实验教学示范中心1个，陕西省本科教学工程国家大学生校外实践基地2个，陕西省实验教学示范中心8个。

截至2024年3月，学部有教育部重点实验室2个，国家与地方联合工程中心3个，其他省部级重点科研基地20余所。

截至2024年3月，学部近5年来获多项国家科技奖及部省级科研成果奖，发明专利和新型实用专利300余项，高质量论文年均1300篇。

《西安交通大学学报（医学版）》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的面向中国国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物，创刊于1937年，包括专家述评（专题研究）、中医药研究、公共卫生等栏目，被美国《化学文摘》、美国《生物学文摘》、美国《剑桥科学文摘（自然科学）》、荷兰《医学文摘》、Scopus数据库、俄罗斯《文摘杂志》、波兰《哥白尼索引》、WHO西太平洋地区医学索引、《中国科学引文数据库》、《中国科技论文统计与分析》（年度报告）、《中文核心期刊要目总览》等多种数据库和评价体系定为刊源。

《西北药学杂志》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学和陕西省药学会主办、中国国内外公开发行的综合性药学学术期刊，1986年3月创刊，主要栏目有药物分析、中药及天然药物、药理、药剂、药物与临床、综述、药事管理等，连续被《中国生物学文摘》《中国药学文摘》《中国医学文摘·皮肤科学》收录；被美国《化学文摘》和美国《乌利希期刊指南》收录；为《中国期刊网》《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊，中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，2016年、2018年获中国高校优秀科技期刊奖。

《中国妇幼健康研究》（月刊）是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学与中国妇幼健康研究会共同主办的妇幼卫生专业学术性期刊，创刊于1990年，包括专题研究、专家论坛/解读、妇幼营养研究、出生缺陷预防、临床研究等栏目，是中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国科学引文数据库来源期刊，被中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中文医学科学核心期刊要目总览、中国生物医学文献光盘数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊目次数据库（CMCC）、中国科技期刊篇名数据库、中国科技资料目录（医药卫生）、中国医药文献、万方数据——数字化期刊群、中国知网、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）等收录。

《中国医学伦理学》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的关于医学伦理学、生命伦理学的大型专业性学术刊物，创刊于1988年，设有主题栏目、探索与争鸣、国际伦理快递、健康中国伦理、医患关系、临床伦理、公共卫生伦理、器官移植伦理、生殖伦理、死亡伦理、科研伦理、卫生管理伦理、护理人文、整合医学人文等栏目，自2003年起连续为“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊），为RCCSE中国核心学术期刊，2008年首批入选WHO西太区医学索引（WPRIM）来源期刊，被国家哲学社会科学文献中心、国家哲学社会科学学术期刊数据库、中国人文社会科学期刊A刊引文数据库、中国生物医学文献数据库、中国知网、万方数字化期刊全文数据库、维普中文科技期刊数据库、超星期刊数据库、博看网期刊数据库、荷兰《文献与引文数据库》（SCOPUS）、美国乌利希国际期刊指南（Ulrich）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）等数据库收录。

《医学教育研究与实践》（原名《西北医学教育》）是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的医学教育类期刊，创办于1982年，1993年开始在全国范围内公开发行，主要设有教育理论与教学改革创新、研究生教育、医学生创业教育、丝绸之路医学教育研究、中国国外医学教育、整合医学教育、中医或民族医学教育转化医学教育、比较医学教育、医学人文素质教育、留学生教育、医学生就业问题、基层或全科医学教育等栏目，是中国学术期刊CNKI全文收录期刊、国家哲学社会科学学术期刊数据库收录期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）收录期刊、JST日本科学技术振兴机构数据库（日）（2018）收录期刊、中文科技期刊数据库收录期刊、国家科技部中文科技期刊数据库收录期刊。

《现代泌尿外科杂志》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的期刊，包括专家论坛、诊疗安全共识、儿童泌尿专题等栏目，是CA化学文摘（美）（2014）来源期刊、JST日本科学技术振兴机构数据库（日）（2018）来源期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），被中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库、万方数据库系统科技期刊群、中国知网等收录。

《中国医学教育技术》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的在中国医学领域关于现代教育技术理论研究及开发应用的学术期刊，创刊于1987年，栏目有理论探索与实践、资源开发与应用、网络与远程教育、技术与教育、医院信息化、教与学研究、摄影与美术等，为《中国科学引文数据库（CSCD）》收录期刊、《中国期刊全文数据库（CJFD）》全文收录期刊、《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》统计源期刊、《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊、《中文科技期刊数据库》收录期刊、《中国生物医学文献数据库》收录期刊、《日本科学技术振兴机构数据库（JST）》收录期刊，并入编中国学术期刊（光盘版）、万方数据库等数据库。

《中国儿童保健杂志》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学和中华预防医学会联合主办的国家级技术类杂志，包括述评、专家笔谈、科研论著、基础科研论著、荟萃分析、综述、经验交流、临床研究、健康教育、适宜技术、个案报道等栏目，是中国科学引文数据库收录期刊、中国科技论文数据统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国生物医学文献数据库源期刊、中文生物医学期刊数据库源期刊、中国学术期刊综合评价数据库源期刊、中国学术期刊网络版数据库源期刊、医药卫生中文科技资料目录光盘数据库源期刊、荷兰文摘与引文数据库（Scopus）收录期刊、《美国化学文摘》录入源期刊、俄罗斯《文摘杂志》录入源期刊。

《中国皮肤性病学杂志》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办、中国国内外公开发行的月刊，为美国化学文摘、英国CABI数据库、美国乌利希期刊指南等国际数据库来源期刊；设有专家论坛、基础研究、临床研究、性传播疾病、病例报告、综述等栏目；被《中文核心期刊要目总览》、中国核心期刊数据库，中国科学引文数据库核心库（CSCD）等数据库收录，为中国科技论文统计源期刊、中国生物医学核心期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，并入选《世界期刊影响力指数（WJCI）报告（2020科技版）》。

《皮肤科学通报》（原名《中国医学文摘·皮肤科学》）是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的双月刊，创刊于1984年，2020年获得“第六届陕西省科技期刊特色期刊奖”和“陕西省高校优秀期刊”。

《医药与保健》是由中华人民共和国教育部主管、西安交通大学主办的综合性国家级医药卫生期刊，主要栏目有论著、临床经验、博士论坛、学术探讨、专题访谈、临床研究、中西医结合、临床护理、医院管理、病例报告、辅助诊断、药物与临床、综述等，是《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊、《万方数据数字化期刊群》收录期刊。

截至2024年3月，学部先后先后同美国、英国、澳大利亚、瑞典、日本等多个国家和地区的医学院校和卫生机构建立了合作关系；成立了丝绸之路大学联盟健康子联盟，辐射“一带一路”沿线国家和地区。

学部部徽由内外两个同心圆组成，外圆上部为学部中文名称，下部为学部英文名称，内部图案由麦穗、书本、城墙、阿斯克勒庇俄斯之杖（蛇杖）组合而成，蛇杖为医学传统象征，城墙、麦穗和书本象征捍卫健康、保卫生命；“1937”为学部抗战迁陕年份。

尚德尚医、求是求新