2004年10月就任东京地铁公司监察役。

2006年6月就任日本航空公司监察役。

2006年8月1日，因心脏衰竭死亡，享年74岁。

1999年，西村正雄加入经济团体联合会（经团联），当时，日本产业的复活面临着设备、债务、人员等三大因素过剩而必须解决的时代。“海运是唯一可以，而且完全解决三个因素过剩问题的行业。”西村的这一番话让会长惊讶不已。

2006年去世的安倍的叔叔西村正雄生前曾告诫安倍晋三远离身边那些具有狭隘民族主义思想的人，但安倍没有听从劝告。

2006年7月刊的《论座》杂志刊登了安倍的叔叔西村正雄的文章。他表示，下届首相不应该参拜靖国神社。西村在文章中写道：“二战结束前夕，我是中学一年级的学生，看到了当时日本军部的专横……陆军军部强烈要求在本土作战。若不是天皇作出投降决定，日本本土恐怕就和冲绳一样变成人间地狱，日本可能也就此灭亡了。”“将战争真相告诉那些没有体验过战争的下一代，是我人生最后一项任务。”

西村用中国“贞观之治”作为例子，称唐太宗的优点就是善于吸取别人的意见，发现自己的不足并及时改变，才取得了“贞观之治”的成就。他借此指出，作为一国首相，必须具备这种广泛接纳意见，知错就改的品质。

西村批评日本当前喜欢作秀的政治家，指责他们频繁上镜，利用年轻、有魅力来博取人气，或通过强硬色彩来煽动狭隘的民族主义情绪。在靖国神社问题上，西村强调，中韩并没有将日本悼念战殁者视为问题，他们谴责的是首相参拜供奉有甲级战犯的靖国神社。连欧美诸国也认为日本没有清晰总结战争责任，那些将首相参拜靖国神社正当化的理由无论在日本国内还是国际上都行不通。西村指出，日本的下任首相应该停止参拜，这并非是因为中韩的反对，而是在正确认识过去的基础上优先考虑现实外交的行为。

2006年8月1日，以73岁高龄辞世的日本兴业银行董事长西村正雄，在临终前几天接受《环球视野》采访时，对小泉纯一郎首相参拜靖国神社带来的影响感到忧虑，尤其担心“日本在世界上陷入孤立”。西村正雄是最有可能成为小泉接班人的安倍晋三的叔叔，他强调下届政府面临的最大课题，是“重新构建战略性亚洲外交”。

对于小泉首相参拜靖国神社带来的问题，西村正雄分析说，“首相自身的言行使得本是国内问题的靖国神社问题变成了国际问题，给亚洲外交带来了致命失败”。他举例说，在日本、印度等国争取联合国安理会常任理事国时，成为联合提案国的亚洲国家只有不丹、马尔代夫和阿富汗三国，因此认为“日本在亚洲受到孤立”。

他指出，“了解日本的美国知识分子认为，日本与中国的对立违背美国的国家利益”。他说，“首相参拜靖国神社，不仅被作为战争受害国的亚洲国家谴责，也被欧洲国家所批评。”

小泉首相曾指责中国说，“因为在（靖国神社）一个问题上存在意见分歧就不举行首脑会谈，让人不可理喻”。对此，西村反驳道，“首相也因为邮政民营化这‘一个问题’，就赶走了意见相左的人。同样是因为‘一个问题’，对于中国而言的靖国神社问题要严重得多。”

此外，经济同友会提出希望首相在参拜靖国神社方面自律的建议时，小泉首相曾表示，“有人要求考虑一下生意问题别再去参拜了，但是政治不是做买卖”。对于这番话，西村猛烈抨击道，“日本是靠经济向世界作贡献，经济活动充当着实质性外交活动”。

自己的侄子被认为最可能出任下届首相。针对安倍就任官房长官前担任过顾问的自民党少壮派国会议员联盟（具有‘安倍后援团’的浓厚色彩），西村指出，“也有议员肯定过去的战争，缺乏历史认识”。他还说，“参拜靖国神社正当化的理由，在国内可以说得通，而在国际上就完全行不通。下届首相应该意识到过去的战争责任，奉行现实性外交。”

在辞世的前一天，西村把自己的观点整理成两页材料，给本报传真过来。他在材料的结尾处这样写道：向不了解战争的一代人讲述战争经验，是我在人生最后阶段的任务。