区域以西表岛和石垣岛为主，其他包括石垣岛和西表岛之间海域的珊瑚礁以及珊瑚礁岛屿：黑岛、竹富岛、小滨岛、新城岛，以及位于西表岛西南方的仲之神岛。

西表岛上有全日本规模最大的常绿阔叶林以及位于河口的红树林等亚热带植物。岛上有多样保护类动物：西表山猫、冠鹫、黄缘盒龟等。附近海域的珊瑚礁则是全日本规模最大的珊瑚礁群，现已确认有多达360种以上的珊瑚。

公园原名为“西表国立公园”，在将石垣岛的三分之一陆地区域约7,000公顷及附近海域约14,500公顷的区域列入公园范围后，改名为西表石垣国立公园，新增的范围包括了著名的アオサンゴ群落和白保海域，并更名为“西表石垣国立公园”。

1972年05月15日：冲绳回归日本，公园被改制为日本国立公园“西表国立公园”。