西黄寺现存的清静化城塔院采用的是汉传佛教寺院“珈蓝七堂”的传统布局格式，共分三进落院。第一进落院建筑包括山门殿、钟鼓楼、东西配楼；第二进落院建筑包括天王殿、垂花门、东西禅房；第三进落院建筑包括大雄宝殿、清静化城塔、乾隆御笔碑亭、东西禅房、慧香阁。

西黄寺博物馆以近三百年历史的清静化城塔院为主体，全馆占地约两万平方米。馆内原状陈列有清静化城塔、乾隆御笔石刻碑亭等，常设展览有六世班禅展、藏传佛教三级学衔展、乾隆御笔石刻展、清静化城塔展等，临设展览有唐卡展、佛教文化陶瓷展等。馆内藏品有塔藏文物、法器法物、佛像、唐卡、经卷等，馆藏展示品类繁多，丰富精美，反映了西黄寺博物馆厚重的历史文化底蕴。