1740年，赫顿14岁时进入爱丁堡大学攻读人文科学，1744-1747年，他在爱丁堡大学攻读医药学，对医药学和化学课程又十分感兴趣。1747年底他到了法国的巴黎，在那里学习了两年化学和解剖学。在学习化学课程期间，G.T.罗伊尔（Rouelle）教授的化学课程中含有矿物学和地质学的内容，这可能和他以后对地质产生兴趣有关。1749年，他从巴黎来到莱顿，同年9月，他以“血液与微宇宙循环”论文获医药学硕士学位。当年年底，他又回到伦敦，同他的朋友J.戴维（Davie）开始氨盐的生产，并取得了成功。1750年他从一部英国名著中得到启发，对农学产生了兴趣，他放弃了医药行业，回到了苏格兰。在离爱丁堡六十余公里的斯莱修斯开始经营父亲遗留下的一座小农场。赫顿生活中最重要的活动就是进行地质旅行。继1753年他对英国各地的地质现象进行了认真的观察之后，1754年他又到荷兰、比利时和法国北部进行农业和地质考察。1764年，赫顿同他的好友G.克拉克一起到苏格兰北部作地质旅行，看到了许多地质现象，引起了他对地质学更大的兴趣。于是，赫顿离开了经营良好的农场，于1768年回到了苏格兰的首府爱丁堡。