1995年，获得原国家科委和中科院1650万元的经费资助和杰出青年基金的资助。

1997年12月——1998年9月，任中国科学院近代物理研究所副所长。

1998年，获得国家杰出青年基金资助。

1998年9月——1999年12月，任中国科学院近代物理研究所常务副所长。

1999年12月——2000年4月，任中国科学院近代物理研究所所长。

2000年4月——2008年1月，任中国科学院近代物理研究所所长、党委书记。

2008年1月——2016年4月，任中国科学院副院长、党组成员，兰州重离子加速器国家实验室副主任。

2005年12月， 当选为中国科学院数学物理学部院士。

2023年3月，任第十四届全国人大社会建设委员会委员。

1986—1988年，詹文龙在法国GANIL国家实验室进行中能重离子及放射性束物理研究，1991—1993年，在美国哥伦比亚大学、BNL和LBL国家实验室进行相对论重离子研究。作为主要参加者或部分工作负责人在GANIL工作期间与合作者一起发现了11个新核素，首次测定了30多个奇异核素的质量及部分反应截面；与近代物理所的同事们一起验证了“非完全深部非弹性碰撞”的反应机制等研究；负责设计和建成在HIRFL上具有90年代国际水平的放射性束流线RIBLL，并做出一批丰质子奇异核实验研究。作为项目负责人全面优质完成国家“九五”重大科学工程HIRFL-CSR建设，并顺利通过国家验收，工程相关电子冷却、超高真空、控制等创新成就得到了中国国内外好评，成功地推进在HIRFL上进行重离子治癌临床试验。90年代后期，詹文龙负责进行国家大科学工程“兰州重离子加速器冷却储存环”的研制。

截至2017年4月，詹文龙在中国国内外主要学术刊物和会议上发表160多篇论文。

詹文龙历任中共十五大、十六大代表，十七、十八届中央候补委员，第十三、十四届全国人大代表，第十三届、第十四届全国人大社会建设委员会委员。

詹文龙在中学停课后被安排到厦门东方红纸制品厂当工人。在做装卸工的那两年半时间，詹文龙收集了大量不同领域的书籍，大部分是数理化方面的，也有苏联教材、小说等。装卸途中，詹文龙有时坐在后面货厢里，有时坐在前面，利用这个空当儿看书。

对于高考，詹文龙是非常自信的。但距离考试前一周时，詹文龙所在的厦门第四中学组织复习考试，那时他才开始害怕。这时他才发现之前自学的都是“野路子”，标准的解题步骤他不懂。

詹文龙由于核物理专业是保密专业，院系设在了兰州大学外面，与近代物理研究所分别位于盘旋路十字路口的两侧。到兰州大学报到的第一天晚上，詹文龙与几位同学吃完饭返回时，走错了路，经过一个大坑，而这个大坑上建设的就是兰州重离子加速器。毕业后他被分配到了这里，度过了人生最宝贵的30年。

詹文龙同志热爱党，热爱祖国，热爱社会主义，坚持四项基本原则。他投身科技事业20多年，忘我工作，默默奉献，努力攀登高峰，取得了一批令人瞩目的科研成果，为发展中国的核科学事业做出了突出贡献。（中国科学院评）

詹文龙同志长期从事低、中能、重离子核物理研究，先后参加并部分负责了中科院“六五”、“七五”、“八五”和“九五”的重大或重点项目的研究，取得了一系列具有创新性研究成果。（中国科学院近代物理研究所评）