1999—2004年，任中山大学物理科学与工程技术学院院长。

2001年起，任光电材料与技术国家重点实验室（中山大学）主任。

2004—2010年，任中山大学党委常委、副校长。

2004—2006年，兼任中山大学高等学术研究中心主任。

2004—2008年，兼任中山大学国际交流学院院长。

2010年12月起，任中山大学校长（副部长级）兼研究生院院长。

2014年10月至2021年11月，任复旦大学校长。

许宁生长期从事真空微纳电子学研究工作，主要开展了新型场发射冷阴极和真空微纳电子源阵列器件的基础研究，以及它们在功能器件上应用的探索性研究。研究了大面积金刚石及相关薄膜场发射特性和机制，发展了物理解释模型，并研究了类金刚石薄膜在真空微电子源阵列的应用。研究了纳米冷阴极场发射的应用基础问题，发展了纳米冷阴极材料可控生长及电子源阵列制作的技术，并研制出新型纳米冷阴极原理型器件。研究发展了“金属－绝缘体－金属”微结构电子发射模型和印刷型冷阴极电子源制备技术。

截至2004年11月，许宁生已在Phys. Rev. Lett，Adv. Mater. 和Appl. Phys. Lett. 等刊物上发表科技论文超过200篇，其中SCI收录超过100篇；据SCI统计，论文被国际同行引用超过500篇次以上，单篇最高引用超过150篇次；曾参加一本国际综合英文专业论著的编辑工作，并负责写作其中两个章节；为由美国科学出版社出版的第一部“纳米科学技术百科全书（Encyclopedia of Nanoscience and Nanotechnology）”撰写“真空纳电子学（Vacuum Nanoelectronics）”一章，为英国综述性刊物“材料科学与工程报告（Materials Science and Engineering: R: Reports）”撰写综述一篇。

据2019年12月复旦大学图书馆官网显示，许宁生已主持国家、省、部级科研项目超过25项，其中包括国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术研究发展计划（863计划）项目以及国家杰出青年基金项目等许多重大国家项目。

许宁生在中山大学校内重视本科教育，提倡“人心向学”教育理念，提升本科教育质量整体水平，对学生各方面工作需求的投入，他明确提出，中山大学希望培养具有领袖气质的人才和行业精英，希望学生在大学里具备复合型、国际视野、人文关怀三个特点。

作为全国人大代表、复旦大学校长，许宁生认为，“双一流”建设的核心内容应是“育人”。建议加大对本科教育的投入，让“双一流”大学接收更多本科生，特别是让西部和农村贫困地区的孩子同样享受优质高等教育资源。研究生培养则应更好地服务国家“高精尖缺”人才计划，主动为供给侧结构性改革，为新兴产业和新业态提供高层次创新人才。

许宁生担任中山大学校长期间，中山大学提出建设世界一流大学的目标。

2014年开始，中山大学启动了大学院制改革，正式组建生命科学大学院、外语与翻译大学院，通过加强学校内部管理体制改革，加强学科交叉、融合，进一步克服中国高等教育长期存在的专业划分过细、专业范围过窄、边缘交叉学科知识淡化等弊端，培养拔尖创新人才。

在许宁生任内，中山大学还加快了重大平台建设、国际合作办学和高水平师资队伍建设等步伐。中山大学在强化传统学科优势的同时，大力致力于交叉学科和新兴工科建设。

截至2014年10月，许宁生培养的博士生中有3位获得全国优秀博士学位论文奖。

许宁生是第十二、十三届全国人大代表，第八、九、十届广东省政协委员，中国国民经济和社会发展第十三个五年规划专家委员会成员，国家“十五”“十一五”“863”计划材料领域专家，国家纳米重大科学研究计划专家，国家重点研发计划“纳米科技”重点专项总体专家组组长，国家自然科学基金委重大项目主持人，国家自然科学奖会评专家，国家自然科学基金委员会第七届全委会委员、工程与材料学部咨询委员会成员，香港特别行政区大学教育资助委员会委员及多个国际科技督导委员会的委员。

许宁生于2017年担任环太平洋大学协会（APRU）指导委员会委员；2018年6月受聘担任上海市决策咨询委员会委员；2019年5月受聘担任上海市集成电路专业委员会主任。

许宁生是世界一流的教授，他的实验室绝对是一个世界性的实验室。（1976年诺贝尔物理学奖获得者丁肇中评）

许宁生同志是中山大学自己培养起来的优秀科学家和领导干部，具有国际化的办学视野，工作中注意开拓进取。他事业心、责任感强，作风扎实，处事公道，真诚合作共事，维护和坚持党委领导下的校长负责制。他治学严谨，要求自己比较严格。中央认为许宁生同志担任中山大学校长是合适的。（时任中央组织部干部三局副局长杨春光评）

许宁生同志大局意识强，对党和国家充满了感情，长期在高校学习工作，熟悉教学科研规律，治学经验丰富，组织能力强。（时任中央组织部干部三局局长喻云林评）