从名称可知，其主要职责是对股份数量、流转情况进行登记及结算。可以说，证券登记结算机构是新三板中的服务者。

证券结算登记机构的职责：

1.股份登记与存管

拟挂牌企业应与中国结算深圳分公司签订《股份登记服务协议》。随后，企业会同主板券商办理初始股份的集中登记；当出现情势变更时，企业及券商也应当在证券登记机构申请相应的变更登记；挂牌公司股份终止挂牌后，挂牌公司应当及时到深圳分公司办理股份的退出登记。

此外，主办券商应将其所托管的非上市公司股份存管在证券登记结算机构。

2.投资者账户管理

投资者买卖挂牌公司股份，应持有中国证券登记结算有限责任公司深圳分公司人民币普通股票账户。在2009年合并账户改革后，投资者持有的场内市场交易账户与新三板市场交易账户打通，投资者可以用一个账户投资于场内市场的任何板块，以及新三板市场。证券登记结算机构对投资者账户进行管理，不但保证了投资者账户的安全，同事还防止交易一方做空股份，损害交易对手利益。