全书共44卷。《杂病证治准绳》卷1～6专论内科杂病，分诸中、诸伤、寒热、诸气、诸呕逆、诸血、诸痛、痿痹、诸风、神志、杂门、大小腑等12门，131种病证，卷7～8为七窍门，包括五官、咽喉、毛发、筋骨、皮肤、蛊虫等19种病证。各门前有总论，后按病证分述，不载方药。各证下再详列不同病症，辨证精细，分析入微，《杂病证治类方》按《杂病证治准绳》而分类列方。《伤寒证治准绳》8卷。卷1为伤寒总例，卷2～7为六经病证、合病、坏病、狐惑、百合病、瘥后诸病、阴阳易、春温、夏署、秋疟等，以及妇人、小儿伤寒。论述以《伤寒论》方论为主，广集各家治法，并注明出处。

《幼科证治准绳》宗钱乙按五脏分证编次。卷1为初生门，首载证治通论，次叙初生胎疾。卷2肝部，含惊搐、痫、中风、眼目、淋、疝、咽喉等。卷3～6为心部，包括发热、心痛、烦操、舌、失血、语迟、疮疡等，又着重论述痘疹。卷7～8为脾部，含不乳食、吐泻、痢、疳、痞、黄疸等。卷9为肺、肾部，内容有咳嗽、喘、悲哭、龟胸、脱肛、囱陷、五迟、五软等。列证详备，有论有方。