不知过了多久，上苍之下的诸天大世界中，诞生了一位仙帝。可惜诡异一族关注此人已久，在他成为仙帝之时，两位坐镇前哨战的诡异仙帝在他刚破入仙帝根基不稳的时候，用诡异始祖赐下的黑血感染了他。虽然他在死前将元神与纯净部分的身体分离出来，放入烂木箱，并堵住流下黑血的窟窿，但还是来不及。死去的身体彻底黑化，变成了诡异一族在诸天的代理人——尸骸。尸骸开始帮助诡异一族传播黑血物质，尸骸所在的宇宙变成了终极古地。

而尸骸自己也开始培养手下。受尸骸召唤而来的众多朝拜者之中，一个九幽獒来到黑暗仙帝被污染的地方，这里已经成为了黑暗之地，九幽獒在这里沾染了黑暗物质，他原本止步不前的修为意然有了精进，离仙帝更近一步，他从此投身黑暗，化身灭世老人。之后又有三人加入了进来，他们分别是羽帝、鸿帝、苍帝。

苍鸿羽三人接受尸骸的帝经，获得诡异黑血族的力量。而相对的，他们要服从尸骸的命令，攻打那些没有被感染的宇宙。一个又一个的宇宙被打残，这些残破大宇宙们汇集起来，形成了界海。界海与还完好的宇宙们之间，被堤坝界隔开了。苍鸿羽三人把界海另一边视为了菜园，每一纪元都收割一遍，将收割来的生灵祭献给已经成为尸骸的黑暗仙帝，获取仙帝经文。苍鸿羽三人制造了起源古器，把不少宇宙的生灵变成了他们的大军。这些宇宙们也成为了黑暗之地。

不知何时，界海这一边诞生了一位准仙帝。这位诸天仅存的准仙帝，踏上堤坝，渡过界海，留下一串脚印警示后来者，要去界海对面平乱。他征战苍鸿羽三人，原本他不弱于三帝中的任何一人，但是三帝同时对他出手，他不幸战死，只留下一团不灭的道火和一行淡淡的脚印。脚印帝的陨落，标志着诸天万界最后一次帝落时代。

脚印帝陨落后，诸天的修炼体系断代，再也没有准仙帝出现了。活下来的生灵中，一位老金乌与老友修炼到了仙王境界，创下了新体系，供大家修炼。老金乌设立了天庭，他的宇宙不断融合其他宇宙，形成了超级大界仙域，俨然成为诸天万界的中心。此时进入了仙古时代。这个时代诞生了很多真仙以及仙王，还有柳神之类的仙王祭灵，以及安澜不朽之王之类的巨头，但已诞生不出准仙帝了。

诡异的脚步没有停止，苍鸿羽将起源古器放到了界海对面，感染了两个大宇宙的生灵，这些生灵中的强者借此突破到了仙王，被称为不朽之王和葬王，而这两个大宇宙被称为异域和葬域。其中，葬域因为诞生了葬主和养鸡的两位天骄，葬域生灵渐渐脱离了污染，回归良善。

而异域生灵为了“破王成帝”的夙愿，对隔壁的九天十地发动战争。随着异域入侵，九天十地被打残，无终仙王、六道轮回仙王等巨头陨落，真仙也被屠戮殆尽，自此通往仙域的大门被关闭。九天十地因此从完整大界变为了半残的宇宙，进入乱古纪元。从这个时代开始，基本很难成仙了。

到了乱古纪元末期，在九天十地中三千道州的下界八域中，一个少年从大荒中走出，他便是荒天帝石昊。石昊为修道而生，为应劫而至。他快速崛起，解决了异域的黑暗祸端，让这一界光复，在最短的时间（差不多260万年）修炼到了准仙帝境，杀到世间无人敢称尊。然后，石昊杀向黑暗之地，历经三万年大战，他斩杀苍帝、鸿帝、羽帝以及灭世老人。随后在黑暗之地，石昊突破到仙帝境界，成为“荒天帝”，并斩杀黑暗仙帝尸骸。

荒天帝斩杀了尸骸后，发现黑暗仙帝是被来自上苍之上的黑暗物质污染。荒天帝为了彻底解决问题，坐着铜棺，跨过界海，进入上苍。临走前，他一剑断万古，隔断了界海这边和上苍的联系，为界海这边留下一个完美世界。

（诡异一族在诸天的布局被打乱后，与上苍爆发了大战。来到上苍后的荒天帝与上苍仙帝并肩作战，在仙帝境上也越走越远。八万年后，荒天帝回到诸天一次，复活了一些亲友。又截取大界碎片，将自己的故乡九天十地重塑为了遮天宇宙。同时荒天帝察觉到，当年灭了尸骸后，有个地方被漏掉了。于是留下了一块碑和一个脚印。之后荒天帝又上路回到上苍，继续参战。几万年后，石昊仙帝修为更加高深，掌握了映照的技能，不断复活逝去的亲友，并且劈出独断万古的一剑，隔开了界海另一端）

经过了冥古时代、神话时代、太古时代、荒古时代后，随着末法时代的到来（也称后荒古时代），原来的九天十地化成一个宇宙（即遮天宇宙）。

这个宇宙中，因为天地大道的限制，最强者不过是大帝境界（对应《完美世界》至尊境极道之巅）。大帝一世只有一万多年的寿命，所有的大帝都推演出这个宇宙之外还有一个仙域，进仙域就可以长生，但是仙域百万年才能开启一次。有些大帝不甘心就此死去，他们在晚年自斩一刀，跌落帝境，自封在仙源中，在生命禁区中等待仙域开启，有的大帝封印途中寿命不足，便出来掠夺宇宙中生灵的生命元气，这就是黑暗动乱。

在遮天宇宙中，经历了神话时代，太古时代，荒古时代，在荒古时代后，地球青年叶凡意外搭乘九龙拉棺（三世铜棺外面两层）来到了北斗星域，叶凡在这里崛起，他是人族圣体，自信无敌。他一路征战，成为大成圣体，后又成帝，被万族共称为“叶天帝”。叶天帝率领天庭部众剿灭了七大生命禁区中的六个，并且在不能成仙的环境下，逆活九世成仙，并和无始大帝、狠人大帝（女帝）、荒天帝好友曹雨生（也就是段德）一起举教飞升仙域。

叶凡等人飞升仙域后，发现仙域在当年就破碎成了成百上千个小世界，他们进入的只是其中一个小世界，他们开始修补仙域。

在叶凡崛起的这个纪元，荒天帝率领他的追随者们征战诡异高原。荒天帝一次又一次叩关，他的追随者们接连死亡，他自己也几乎死在高原。此战之后，上苍被灭，诸世成墟，上苍一个时代被葬下了，荒天帝自损修为，映照诸天，又将这个时代救了回来，而石昊也虚弱到了极点，整片古史都找不到他，他也无力庇护诸天：

荒天帝独断万古的一剑，为界海这边留下一个完美世界，也为大后方争取来了成长发育的时间。荒的亲友们也追随荒的脚步，进入上苍。其中柳神在准仙帝境走出很远，葬主屠夫突破到了准仙帝，而其他人也进入了仙王。这些人杰与诡异大战，牵制诡异主力军。诡异一族也只能派出仙王境的部将去骚扰诸天万界。但九天十地有潜力者如雨后春笋般的诞生，在人道可以称之为帝的有三十余人，而这三十人中又有三位天骄脱颖而出，被称为“遮天三人组”，分别是：叶凡、狠人大帝（女帝）、无始大帝。其中叶凡强势崛起，带领亲友团进入仙域。三人组用三世铜棺修补好了仙域，结束了末法时代。在期间三人组结识了其他仙域碎片里的强者古托和古青。

与此同时，在上苍的局势并不乐观。继花粉帝之后，荒天帝超越仙帝境界，成了世间第二个祭道境强者。作为上苍的新一任主心骨，他接下了花粉帝的重担，一人独对三名诡异始祖。但三名诡异始祖有诡异高原加持，可以不断复活，荒走不脱，只能眼睁睁看着亲友团一个个陨落。上苍的仙帝也一一战死，只剩洛和勐海。最后荒战到重伤垂死，柳神为救他也陨落。此时是荒路尽升华为祭道强者后第一次落泪，他的身边人都死了。诸世成墟，只留荒一人孤独的在世间。比谁都苦都难。

独断万古隔开的家乡也被诡异一族再次攻打，接引古殿再现，被他当年铸成雕像的安澜也被诡异仙帝复原。一群诡异仙王攻打了仙域和九天十地，叶凡带着一个诡异仙王穿越回了乱古纪元的天渊前，并强势将其镇杀。无始钟鼎定乾坤连通了鲲鹏巢，女帝在赤王扼杀少年石昊的时候出现救援石昊。曹雨生亦是段德带着花花一边逃亡，一边在找三生药，看到了少年石昊，并提醒他小心接引古殿。

荒天帝看到了后来者的光芒，终于可以放下重担，将希望寄予后来者。在他超越仙帝后，发动了超大规模的映照，复活了诸天万界，救活了一个又一个时代，荒也因此进入了最虚弱的时期，已无力顾他。在沉眠中，荒创造了一个诡异始祖推演不到的世界，率领刚复活还不稳固的亲友们进入其中，一起恢复与修炼。

映照后的荒天帝过于虚弱，几乎要从整篇古史中消失。诡异再次席卷各界，叶凡、女帝、无始与诡异大战。遮天三人组发现荒已经失踪追寻不到，于是想办法跨越时间长河联系到了过去的荒天帝。三人组虽然惊艳，但是诡异一族实在是太多强者，为了从源头解决诡异问题，三人组不得不一次次前往乱古时代，寻找石昊商议一同解决诡异，并让叶凡孙女叶倾仙担任两个时代沟通的桥梁。

在此过程中，遮天三人组突破到了准仙帝，而诡异一族也找不到荒天帝，于是派出三位诡异准仙帝穿越回过去，想扼杀还没成长起来的准仙帝石昊。遮天三人组得知后，也一起穿越回去，阻止了诡异的阴谋，镇杀了诡异准仙帝。三人组也因此得知了仙域的过去，坚定了信念，从此与诡异一族血战到底。

诡异一族扼杀石昊的计划失败后又找到了新方法，即污染荒的体系。修炼人体秘境体系的修士都纷纷堕落，遮天三人组的天庭部众也有不少仙王真仙堕落为诡异生灵，成为了后世的堕落仙王族，也被称为大邪灵。仙域成为了堕落仙界。三人组为了延续不能修炼的断路，前往被诡异一族攻占的上苍，一番血战，叶凡用鼎带出了花粉帝祖种，让诸天生灵有了再修炼的可能。

但时间不等人，诡异一族马上要举行下一次大祭，祭品就是诸天万界。诡异一族的四个据点出动了大量准仙帝前来灭世，遮天三人组一番血战，攻破了魂河。无奈敌人太多，还有诡异仙帝在后方出手。遮天三人组被围困在了魂河内，眼睁睁看着亲友团一个又一个的陨落。最后是无始用时光大道送走了女帝和叶凡，而无始自己陨落。

叶凡躺在三世铜棺里养伤，女帝被逼走上了生死桥。诸天破灭成墟，仙域成了堕落仙王族，九天十地被打残成了小阴间，但诡异的准仙帝也元气大伤，伏蛰起来。一位诡异仙帝出动，去阻杀叶凡。但叶凡在此危机下突破到了仙帝境界，并借此研究诡异本源，永寂了前来追杀的诡异仙帝。而女帝也突破仙帝走出了生死桥，留下一具分身在生死桥驻守。

叶凡、女帝突破仙帝的事情并未让诡异知晓。两人映照出了亲友团，又复活了无始，吸取魂河惨败的教训，三人开始商议以最小代价攻破诡异的计划。无始换了身份进入天帝葬坑当卧底，女帝则在外吸引火力，而叶凡带着部众偷偷修炼。在此过程中，叶凡突破到了祭道境。

而通过快要成仙帝的叶倾仙，祭道境的叶凡终于在时间长河中联系到了石昊。此时的石昊已经完全恢复，甚至变得比以前更强大。两人在一起商议布局：石昊在和诡异始祖的征战中发现，十个诡异始祖有诡异高原庇护，即便是杀死始祖，始祖也会在高原复活，想要真正杀死始祖，必须进入高原，于是他们定了一个进入高原的计划：石昊、叶凡二人导演魂河大战，真身化成种子，和花粉路祖种一起进入石罐里，只留化身在外面。

遮天部众迁入石昊当年映照诸天后所造的世界中，众人一起修炼。叶凡和石昊都留了一具祭道分身在此驻守，而本体则变成种子，同花粉帝的祖种一起藏于石罐中。放置在昆仑，等待有缘人送他们进诡异高原。荒的祭道分身又分出一道祭道分身，去堵三始祖的大门。叶则故意分出一道仙帝分身游走世间，让诡异误判他的实力。

恢复生息的主角部众们，都制造了低境界分身，放于诸天，以此迷惑诡异，让诡异对他们的实力产生误判。黑皇更狠，直接斩断了分身的记忆。这些投影分身下场很惨，被诡异抓进古地府关押，要不就只剩张老人皮，要不就变成了腐尸。

与此同时，上苍的洛与勐海映照复活了一部分上苍，但映照上苍仙帝们并不成功。勐海用三个仙帝器创造了阳间，并将古青提升为了伪天帝。没有了完美众和遮天众的守护，诡异又打起了诸天的主意，上次是黑血族，这次是灰雾族，异域很不幸又被感染了，灰雾族还派来一尊准仙帝来坐镇。阳间与此爆发了大战，打残了异域。

过了几亿年，诡异一族越来越猖獗，不明真相的外围部众以为荒天帝、叶天帝真的失败了，沧澜霸体一族和守陵人一族投靠了诡异。守陵人派出轮回狩猎者去扼杀那些转世到阳间的天才。

当年石昊映照诸天复活帝骨哥时，黑暗面尸骸也跟着一起复活了，只不过被石昊封于陶瓷瓦罐里出不去。而这几亿年里，诡异兴盛，瓦罐也随之破裂，尸骸重见于世，替诡异继续工作。尸骸为了研究荒、叶的弱点，于是决定培养一个相似的花，以此观察其成长经历的过程中发现破解之法。尸骸模拟地球当年的环境，并将灰雾族污染的异域炼成时间至宝，放于九天十地小阴间之中。

而此时，地球诞生了楚风这个人物。在西藏旅游时的楚风捡到了装有荒、叶的石盒，从此走上崛起之路。从小阴间（原遮天宇宙）来到了大阳间（原遮天仙域），横推同代。后来楚风结识了主角团的投影分身，如第一山的“老人皮”、守着“伏钟帝尸”的“大黑狗”、从古地府里出来放风的“十冠王”等。

诡异一族蠢蠢欲动，准备一轮小祭，魂河先打了头阵，主角团的投影分身们与楚风一起参与了魂河二战。最后荒当年留下的脚印，和叶凡躺棺修养时留下的虚影，阻止了魂河的行动。女帝当初留在生死桥的分身则斩杀了主祭者。而最后天帝法旨引动叶凡留下的拳印，揪出了打地球主意的尸骸并消灭。

阳间完成了大一统，古青也借阳间的印记突破到了准仙帝。众人来到九天十地探究，作怪的黑暗面尸骸被帝骨哥带走，九道一与古青则灭掉了异域中的灰雾族准仙帝。异域光复成为新生代主角团修炼的好地方。楚风大婚，并在之后成为人道绝巅。

但这只是暴雨前的平静。

在楚风即将成仙之时，诡异一族就对上苍发动大祭，始祖三棺横空，上苍覆灭，洛与勐海的映照计划彻底破灭，勐海身死，而洛的状态也处于半死之中。

随后诡异一族就对诸天动手，叶凡、女帝的分身对上了诡异仙帝，而荒天帝的祭道分身则继续与三始祖对峙。主角团的投影分身则对付诡异的准仙帝和仙王。神皇趁没有诡异仙帝坐镇，灭掉了魂河，“曹雨生亦是段德”灭了古地府，放出来“十冠王”，“天角蚁”等人。而“伏钟帝尸”诈尸，突然有了仙帝修为，消灭了一位诡异仙帝。但诡异一族人多势众，经此一役，诸天覆灭，阳间被打的不复存在。

至此，阳间覆灭，诡异一族以为彻底消灭了主角团，放松了警惕。

时间到了阳间覆灭之后的几个纪元后。楚风在诸天废墟里崛起为仙帝，同妖妖、帝骨哥一起打游击骚扰诡异一族。最后和妖妖道果碰撞成为祭道。楚风攻入高原失败，石盒被始祖收走。

但这正是落入了荒、叶设下的局中。

荒、叶两人真身现世，直接毁掉了始祖的棺惇。始祖不能复活，很快就被荒叶杀灭。

天庭部众现身，大黑狗在坏笑，阳间覆灭时死掉的都是他们的投影分身。

而狠人，柳神和在葬坑中当卧底的无始也漏出真身，经过几个纪元的暗中修炼，他们已经祭道，将诡异残余势力一网打尽。至此，厄土被灭。

诡异高原没有被打穿，诡异高原意志依然存在，仅一念之间，就改变了历史走向。

时间线被诡异高原的意志改写回几个纪元之前，来到了阳间刚被覆灭的时候。此时的荒、叶还没有准备好，而天庭部众还正在修炼中，柳神未真正复活，无始还是个仙帝卧底。

荒、叶的未来光景被高原意志通过梦境传给了诡异始祖，十位诡异始祖从梦中惊醒，推演出了荒、叶的布局计划和主角团藏身地点。诡异始祖同时离开高原，对荒、叶二人的亲朋好友出手，荒、叶二人被迫现出真身，大战爆发。

此战，无始不再卧底，荒、叶联手杀死五位始祖，女帝进阶祭道境，杀死一位始祖，诡异仙帝陨落七位。石昊、叶凡、女帝、无始等所有主角团，全部战死，诸天万界所有仙王境以上的高手，全部被诡异一族找出并击杀，诸天万界进入了最黑暗的绝灵时代。至此，主角团真正陨落。

楚风只能在破败中崛起。在最不可能成仙的绝灵时代，成为红尘仙。在两个纪元后，楚风成为祭道境强者，他携诸天伟力杀向高原，这时诡异一族经过补充，已经又有了七位始祖。楚风以一敌七，杀死两位始祖，自身战死。

楚风死后，来到了一个永恒未知之地，这里唯有祭道之上的强者才能进入。原来，石昊、叶凡、楚风三位主角，为了诸天万界的生灵尽力一战，不惜战死，符合祭道真意，三主角突破祭道之上，回归现世。

突破祭道之上的三主角一念间就消灭了高原意志，十大始祖被三人目光所灭。他们杀尽诡异一族，彻底崩碎高原，清理所有的诡异物质，从此世间再无诡异。

而三主角又一念间，复活了所有战死的亲朋好友，所有破灭的大千世界都被复活。三主角建立了一个世外桃源，三人的道场呈等边三角形，所有人其乐融融的住在这里。

而诡异高原的深处，那位创世之初的病者的执念并未彻底消散，他召唤三主角，借三主角之手消散于世间。但三主角并不认为此事这么简单，他们跨越时间长河，继续研究病者的来历。故事到此结束。