语用所成立之初由国家语言文字工作委员会和中国社会科学院双重领导，1988年以后由国家语委领导，1998年国家语委并入教育部，语用所随之成为教育部的直属研究所。2001年4月，根据中编办对教育部所属部分事业单位调整更名的批复，国家语委普通话培训测试中心和《语言文字应用》杂志编辑部并入了语用所，组成新的语用所。

语用所在中国社会科学院研究生院设有语言文字应用系，并与中国传媒大学设立应用语言学博士点。