景泰五年（1454）进士，授户部云南司主事。督通州仓，陈四弊，屡次得罪监仓宦官。

天顺七年（1463），擢建昌府知府。建昌府多盗，为军将所庇护。谢士元以他事持军将，于是揭发了真相。百姓怀券诉讼田宅，谢士元指责说：“伪也，券今式，而所讼乃二十年事。”百姓惊服，诉讼于是停止。考满，进从三品俸，治府事如故，丁忧离任。服阕，任广信府知府。永丰有银矿，处州百姓盗发之，聚众数千人。将士惮其骁勇，不敢征剿。谢士元勒兵前往，叛军刺伤谢士元的左股。谢士元带伤力战，擒获其首领，塞矿穴而还。入觐，改任永平府知府。丁忧，没有上任。服阕，擢四川右参政，进右布政使。

弘治元年（1488），擢右副都御史、四川巡抚。土番大小姓准备叛乱，谢士元假托行边，驰诣其地。叛军大恐，罗拜道左，谢士元安慰并遣散他们。遇上大灾，流民前往就食。谢士元振恤有方，全活者数万。