她出生于前120年，是托勒密九世和克利奥帕脱拉·塞勒涅一世的女儿。后来在前101年，托勒密十世夺取托勒密九世的王位，并杀了自己的母亲，即贝勒尼基三世的祖母克丽奥佩脱拉三世后，与贝勒尼基三世结婚。然而当托勒密九世把王位夺回来后，贝勒尼基三世也被迫下台。前81年托勒密九世逝世后，贝勒尼基三世再度登上女王之位，这次仅仅统治六个月，但这段期间深受民众爱戴。

后来她被迫嫁给托勒密十一世，托勒密十一世并在19天后杀了她。这个举动让人民相当气愤，发动暴动几天内就杀了托勒密十一世。