贝琼性坦率，不事边幅，专心好学，博通经史百家。四十八岁时，始领乡荐。张士诚屡次征召不到。洪武二年（1369），聘修《元史》。书成，受赐归。洪武六年（1373），以儒士得到举荐，任国子助教。贝琼曾感慨古乐不作，作《大韶赋》以表明志向。时任国子司业的宋濂建议立四学，并祀舜、禹、汤、文（周文王）为先圣。明太祖没有采纳他们的说法，贝琼又作《释奠解》反驳，识者大多赞同贝琼的建议。与美和、铉齐名，时称“成均三助”。洪武九年（1376），改任中都国子助教，教导勋臣子弟。洪武十一年（1378），致仕。洪武十二年（1379），去世。

著有《中星考》、《清江贝先生集》、《清江稿》、《云间集》等，后人整理为《贝琼集》。