本会接受贵州省交通厅的领导,挂靠贵州省航务管理局，其办事机构的党、政工作受挂靠单位的领导和管理。业务上接受中国航海学会的指导。

学会的宗旨是：遵守国家宪法、法律、法规和政策，遵守社会道德风尚，泓扬尊重知识、尊重人才；倡导“献身、创新、求实、协作”精神，团结和组织贵州航运科技工作者，坚持党的基本路线，以经济建设为中心，贯彻“科学技术是第一生产力”的方针，实施“科教兴国”和“可持续发展”战略，促进航海科学技术的繁荣和发展，促进航海科学技术人才的成长和提高，促进科学技术与经济的结合，为社会主义物质文明和精神文明建设服务。本会根据民主办会的原则和按照本会章程的规定，独立负责地开展工作。

贵州航海学会设有四个专业委员会，分别为：航道-港口专业委员会、海事监督专业委员会、水运管理专业委员会、船舶技术专业技术委员会，全省共有会员600余人，19个团体会员单位。学会实行学会会员代表大会制，每五年召开一次。代表大会闭幕期间的执行机构为学会常务理事会，其下设学会办公室，技术咨询服务部为常设办事机构。