1230年，费尔南多的父亲阿方索九世去世。阿方索在遗嘱中将王国交付给他与第一任妻子葡萄牙的特丽莎所生的女儿桑查和杜尔塞。但费尔南多却对遗嘱提出异议，他宣称应由自己继承王国。最终，在贝伦格拉和特丽莎的主导下，双方于1230年12月11日在贝纳文特签署了一份协议，莱昂王国由费尔南多继承，但作为补偿他需要向他同父异母的姐姐们支付大笔的金钱和土地。因此，费尔南多也成为了自阿方索七世于1157年去世后的第一位莱昂和卡斯蒂利亚两个王国的君主。在统治初期，费尔南多就不得不面临拉腊家族的叛乱。

自1212年的纳瓦斯德托洛萨战役阻止了穆瓦希德王朝进攻西班牙的脚步后，一系列的休战使卡斯蒂利亚和由穆瓦希德王朝统治下的安达卢斯都或多或少地恢复了和平。然而，随着穆瓦希德王朝哈里发优素福二世于1224年去世后，穆瓦希德王朝陷入了继承危机。哈里发之位的争夺者阿卜杜拉·阿迪尔率领大军跨越海峡前往摩洛哥征战，留下了防御疏松的安达卢斯。阿卜杜拉·阿迪尔的堂亲，企图篡位的阿卜杜拉·阿巴亚斯随即向费尔南多求援。1225年，卡斯蒂利亚军队与阿卜杜拉·阿巴亚斯的军队共同作战，军队劫掠了哈恩和维加德格拉纳达，并在年底之前成功让阿卜杜拉·阿巴亚斯在科尔多瓦登基。作为回报，阿卜杜拉·阿巴亚斯将具有重要战略地位的边境要塞巴尼奥斯德莱恩西纳、萨尔瓦铁拉（前卡拉特拉瓦骑士团在雷阿尔城附近的堡垒）和卡皮亚（最后的必须攻城之一）割让给费尔南多。尽管阿卜杜拉·巴亚斯不久之后就在人民起义中身亡，但卡斯蒂利亚却依旧占领着阿卜杜拉·巴亚斯的领土安杜哈尔、巴埃萨和马尔托斯。

然而，穆瓦希德王朝的危机仍未解决。1228年，另一位哈里发之位的觊觎者阿布·阿拉·伊德里斯·马门决定放弃西班牙，他率军前往摩洛哥只在安达卢斯留下了最后一支穆瓦希德王朝的残余部队。当地列强很快就瓜分占领了安达卢斯，由伊本·胡德松散地领导着。北方的基督教国王——卡斯蒂利亚国王费尔南多三世、莱昂国王阿方索九世、阿拉贡国王海梅一世和葡萄牙国王桑乔二世立刻趁机对安达卢斯发动了一系列的突击。1230年，伊本·胡德的临时军队在阿兰赫被莱昂人消灭。基督教国王们的军队畅通无阻地一路南下，从1228年到1248年的二十年间，收复失地运动取得了最辉煌的成就。在这场大扫荡中，安达卢斯大部分的古老要塞都一个接一个地被攻占了。费尔南多三世瓜分到了最好的一份战利品——巴达霍斯和梅里达。虽然梅里达一开始被莱昂控制，但费尔南多很快就在1230年通过继承重新得到了梅里达。之后，费尔南多在自己的努力下又接连征服了卡索拉、乌韦达、后倭马亚王朝的首都科尔多瓦、涅夫拉、韦尔瓦、埃西哈、卢塞纳、奥里韦拉、穆尔西亚、阿尔霍纳、穆拉、洛卡、喀他赫纳、康塔尔和阿利坎特，最后在1248年12月22日，费尔南多征服了安达卢斯最大的城市塞维利亚。在长达二十年的猛攻结束后，安达卢斯只剩下格拉纳达酋长国未被征服。