费迪南多的母亲是阿方索五世国王的情妇吉拉尔多纳·卡利诺。为了让费迪南多有一个好的未来，1444年，阿方索国王让费迪南多娶了科佩尔蒂诺伯爵特里斯坦的女儿伊莎贝拉。虽然阿方索相信自己是费迪南多的生父，但当代很多人认为费迪南多根本不是阿方索的私生子，造成永远无法厘清的身世争议。

根据其父亲的遗嘱，费迪南多于1458年继承了那不勒斯王位。在他统治期间，当地的安茹派贵族又开始蠢蠢欲动，“安茹派”由名门奥尔西尼家族领导，起兵反抗费迪南多，并请求前国王勒内一世回到故土。于是1459年开始，勒内派长子洛林公爵让二世从法国前来，争夺费迪南多的那不勒斯。1460年让二世在热那亚（已由法军征服）提供的舰队支援下击败了费迪南多，但费迪南多在意大利强国如米兰公爵弗朗切斯科一世·斯福尔扎、教宗庇护二世的支持下反败为胜，米兰公爵因为法军已从占领的阿斯蒂和热那亚威胁米兰，高呼要把法国人撵出意大利；庇护二世更说：“只要法国人获得那不勒斯，意大利就失去了自由，捍卫费迪南多，就是捍卫意大利自身”。援军特别是1462年米兰军及阿尔巴尼亚反土耳其英雄斯坎德培的到来最为关键，1462年让二世及安茹派的皮奇尼诺（雇佣兵将军）先在普利亚被击败，遂让费迪南多在1464年重建统治，并在1465年彻底击败让二世。