当其父科西莫二世·德·美第奇于1621年去世时，费迪南多年仅十岁。由于他还未成年，因此由他的母亲奥地利的玛丽亚·玛格达莱娜女大公和祖母克里斯蒂娜·德·洛林联合摄政。当他17岁时，费迪南多开始了环游欧洲之旅。一年后，费迪南多开始亲政。但是克里斯蒂娜·德·洛林依旧手握大权直到其于1636年去世。费迪南多和克里斯蒂娜一样都是伽利略·伽利雷的赞助人、支持者和朋友。伽利略还将其著作《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》献给了费迪南多。

费迪南多统治期间爆发的第一次灾难是1630年的一场席卷佛罗伦萨的瘟疫，有10%的人口都受到波及。与其他托斯卡纳贵族不同的是，费迪南多和他的兄弟们都留在城中试图遏制瘟疫的蔓延。1633年，在其母亲和祖母的安排下，费迪南多与末代乌尔比诺公爵弗朗切斯科·马里亚二世·德拉·罗维尔的孙女，维多利亚·德拉·罗维尔结婚。这对夫妇一共有二子活至成年：科西莫三世·德·美第奇和弗朗切斯科·马里亚·德·美第奇。弗朗切斯科·马里亚是这对夫妇在暂时和解后所生的孩子，其实在科西莫出生后，两人就开始分居。维多利亚更是将费迪南多捉奸在床。