别名艾布·阿卜杜拉。贾法尔从小在其祖父阿里·栽因·阿比丁(658～712，十二伊玛目派第四任伊玛目)和父亲穆罕默德·巴基尔(676～732，该派第五任伊玛目)培养、教育下学习什叶派教义学、圣训学、教法学。他思想敏锐，学识渊博，精通伊斯兰教经、训和教义学、法理学、哲学以及文学、占星学、炼金术等。由于伍麦叶王朝和阿拔斯王朝初期的哈里发对阿里后裔实行高压政策，他对政治问题采取回避态度，只埋头宗教功修和钻研学问，并往返于麦地那和库法讲学，培养教育学生。他是8世纪麦地那什叶派教法学权威，门下弟子众多，在当时伊斯兰世界深孚重望，受到各派穆斯林普遍敬重。他对各派法学家的思想主张也十分尊重。逊尼派教法学家艾布·哈尼法(699～767)和马立克(712～795)也听他讲学，并同他讨论、切磋教法问题。他说：“凡有领袖欲者，必遭殃”，因此他主张在危难时刻，可以采取“塔基亚”(Taqiyah，即明哲保身)原则，以保存自身和本派的力量。8世纪中叶，他以其长子伊斯玛仪酗酒为由，将其继承伊玛目的权利转给次子穆萨·卡兹姆。因伊斯玛仪的追随者不服，后形成伊斯玛仪支派。贾法尔对事业坚忍不拔，对生活安守本分；对是非问题敢于坚持真理，不昧良心；对待同仁坦白直率，不讲情面。贾法尔在教义学上坚持“真主独一性”的主张，反对时人提出的“真主的形象同于人类的形象”之说。他对“前定”持肯定态度，但不承认这就是“宿命论”，也反对“人的意志可以不受真主意志支配”的观点。他确立了什叶派伊玛目教义的基本思想：认为伊玛目由安拉命定而不是由人选择；伊玛目掌握来自先知的知识，具有不谬性；前任伊玛目可预定下任伊玛目的人选。他在法学思想上的一条重要原则是“任何事物，从根本上说都具有可行性，除非有明令加以禁戒”。在教法学上，他主张立法必须考虑社会公众利益和律例的实用性及严肃性，尤其注重创制律例的方法和经典依据，指出创制律例必须依据《古兰经》明文和阿里家族系统所传圣训的精神。在没有经、训可循时，他主张可本着社会“公益”原则和理性的精神创制律例，反对运用“类比”原则。