贞元二年（786年）七月，加任东都畿唐、汝、邓都防御观察使。同年九月十一日，任检校尚书右仆射兼滑州刺史，充义成军节度、郑、滑等州观察处置等使（义成军节度使）。

贞元九年（793年），贾耽以六十四岁高龄奉诣入觐。同年五月二十七日，任尚书右仆射、同中书门下平章事。“朝廷为之宝，廓为之重，天下以之信向，蛮夷以之怀来，加金紫光禄大夫”。而后转任左仆射，依前平章事，迁检校司空，贾耽正式担任宰相。

贞元十二年（796年），贾耽因健康原因，首次上表提出辞呈。表曰：“荏苒四年，昧于摄生，素有多病。眼有盲膜之疾，耳闻风雨之声。自赵憬云亡，卢迈染患，忽忽惊悸。旧疹顿加，尸素之中，视听不逮。……省躬量力，诚所不任。非求退让之名，实为官谤所迫。伏希圣鉴俯察恳诚，无任惶迫切之至。”德宗没有批准。

贞元十三年（公元 797 年），贾耽又以因健康原因提出辞呈，德宗仍然没有批准。

贞元十七年（801年），贾耽经过长达三十多年的积累，完成了《海内华夷图》及《古今郡国县道四夷述》四十卷，进献朝廷。其中《海内华夷图》是中国历史上第一幅大型地图。在制图技术上，创墨朱殊文制图法。

永贞元年（805年），唐顺宗即位，贾耽转任左仆射，依前平章事，迁检校司空。贾耽厌恶王叔文一党当权，便托称有病，不再出门。贾耽的健康每况愈下，病疾日益严重，于三月二十一日、二十七日、五月二十日、七月二十日、八月八日、十月一日，他接连六次上表请求退职， 陈述“残年沈疗，渐不支持”，“顾兹朽质”，“枕席缠绵，形神消耗”， “大病之期，晦明难保”，“伏乞赐臣骸骨，收臣印绶”，“无任量力恳 迫之至”。可是，顺宗还没有批准。

永贞元年（805年）十月一日（10月26日），贾耽于长安（今陕西西安）光福里的私宅中病逝，享年七十六岁。贾耽居相位13年。唐宪宗为其辍朝四日，册赠太傅，谥号“元靖”，赠绢一千匹、米粟一千石，葬于长安高阳原。

天宝十年（751年），贾耽入仕后，结合政治、军事研究地理，考察地理。贾耽研究并绘制地图，是为唐朝的政治、军事服务。贾耽年轻时正经历“安史之乱”，唐的西北边界，被吐蕃等入侵推进到了河西陇右（今河西走廊）一带，唐朝国势衰落、边疆多事，贾耽深表忧虑。贾耽常说“率土山川，不忘寝寐”，贾耽盼望早日收复失地，恢复领土完整。贾耽处理政务中，表现出“器重识高，涵泳万顷”。任汾州刺史七年，政绩茂异。大历十四年（779年），山南东道节度使梁崇义起兵造反，贾耽受命进驻屯扎在谷城，领部下沿江东讨，和将帅们一起，取得攻打江汉、夺取均州的胜利，贾耽荣立军功，获得赏银和青光禄大夫的嘉奖。贞元二年（公元786年），贾耽讨伐僭越称帝的李希烈，李希烈兵败被部将毒杀，贾耽有功，任东都畿唐、汝、邓都防御观察使。贞元九年（793年），贾耽当了宰相，在政事之余，潜心研究地理。贾耽撰写的相关著作，成为唐朝政治、军事的重要依据。贾耽德政兼优，深得德宗皇帝的信任，因健康原因多次上表提出辞呈，德宗都没有批准。

贾耽是中国地理地图史上一位人物，他继承并发展了科学制图的方法，在书籍中的地理记述是中国对外宣示领土和海权的重要依据。利用掌管接待外国使节的工作便利，向外国使节打听各国的山川形势、地理沿革和风土人情，然后再分门别类加以整理。此外，从事贸易活动的商人、少数民族的遗老，甚至民间流传的小说谣谚，他都会留意记录，然后汲取精华，去伪存真。贞元十四年（798年），贾耽用裴秀的制图六原则绘制“关中陇右及山南九州图”一轴，主要表现陇右兼及关中等毗邻边州一些地方的山川关隘、道路桥梁、军镇设置等内容。他用文字注记详加说明，然后汇编成册，故名《关中陇右山南九州别录》、 《吐蕃黄河录》。图和说明一并奏之朝廷。

贞元十七年（801年），贾耽经过三十多年的阅读文献，调查采访，认真选取资料，绘成了《海内华夷图》，撰写了《古今郡国县道四夷述》四十卷，献给朝廷。《海内华夷图》为表现唐代统一的面貌，图的面积约110平方米，“广三丈，纵三丈三尺，率以一寸折成百里。别章甫左衽，奠高山大川；缩四极于纤缟，分百郡于作绘。宇宙虽广，舒之不盈庭；舟车所通，览之咸在目”。其地理范围除唐朝所辖行政区外，还有四邻一些国家，是一幅小范围的亚洲地图，比例尺为一寸折百里，相当于1∶180万。图的内容包括唐朝疆域沿革、行政区划、古今郡县、山川名称、方位、交通道路等。图中的地名古今并注，古地名用黑色，今地名用红色，开中国以两种颜色标注地名的先河。这种墨朱殊文制图法为后世历史沿革地图所遵循。如李兆洛的《历代地理沿革图》，杨守敬的《历代疆域形势图》，都采用这种方法。《古今郡国县道四夷述》是《海内华夷图》的文字说明，属地志。南宋绍兴七年（1137年），《海内华夷图》被缩成《华夷图》和《禹迹图》刻于石上，保存在西安碑林。

贞元二十年（804年），贾耽撰成了《皇华四达记》。《皇华四达记》记载了唐对外交通发展的情况，描述了“广州通海夷道”贯穿南海、印度洋、波斯湾和东非海岸的90多个国家，是当时世界上最长的远洋航线和唐朝最重要的海外交通线。原书已流失，有片段留存，记载了中国通向外面的道路，其中有一条是唐朝丝绸之路，最远可达波斯湾及东非地区。

常衮：燕赵环奇之士，儒雅之才，循良秉懿，冲用经远。著安边之上策，佐分阃之中权，行达理体，精详法度。论兵契要，先务於止戈；馈运惟艰，且闻於足食。累书嘉绩，备洽令猷，素推兼济之能，允叶至公之举。

陆贽：豁达贞方，识通大体，明九域山川之要，究五方风俗之宜。恒因物情，以施教化，所莅之郡，蔼其休声。悦李广之风，人皆自便；怀羊祜之德，敌不敢侵。自诚而明，在久弥著，分我忧寄，实惟其人。董制军师，安集疲瘵，统御都邑，握持纪纲，懋昭厥猷，无替朕命。

郑余庆：公玩习经籍，老而不倦，九流百氏，靡不该览，通夷裔之风俗，尽山川之险易，历代沿革之自，百王废置之由，关塞通塞之因，牧圉盛衰之异，道程疏密之准，要荒享献之数，聚米画沙，成於指掌，矧夫丹青神化，缣缃纂述。数十年来，西戎陷我河湟，其图籍志录，泯绝散落，非公强力精专，蹂（阙）贯穿，靡书不探，虽贱必访，则自（阙一字）龙而西，传疑唱谬，纷纷不巳，巳化为革昧，天意若曰降公之聪达精博，拯厥将坠欤？

权德舆：相国魏公，明诚助化育，奥学穷古今。百揆师长，十年枢衡。赞端拱无为之风，以宥天下，王佐盛业，论著形焉。大凡类是者十有二条，制万方之枢键，出千古之耳目，故今之言地理者，称魏公焉。亲百姓，抚四夷，真宰相之事也。公忠正仁恕，极深研几，究今古於百氏，穷地域於九译。

李肇：大历已后，专学者有蔡广成《周易》，强象《论语》，啖助、赵匡、陆质《春秋》，施士丐《毛诗》，刁彝、仲子陵、韦彤、裴茝讲《礼》，章廷珪、薛伯高、徐润并通经。其余地理则贾仆射，兵赋则杜太保，故事则苏冕、蒋乂，历算则董和，天文则徐泽，氏族则林宝。

李德裕：天旨以贾耽有陈平镇抚之才，得（赵）充国通知之敏，其所述作，该明古今，乃诏太子詹事韦宗卿、秘书少监吕述往莅宾馆，以展私觌，稽合同异，覼缕阙遗，传胡貊兜离之音，载山川曲折之状，条贯周备，文理洽通。

刘昫：贾魏公以温克长者，致位丞相，拒（张）献甫之请，畋李纳之郊，则器略可知矣。元靖訏谟，真谓纯儒。手调鼎饪，心运地图。

宋祁：耽、（杜）佑（杜佑）、（令狐）楚皆惇儒，大衣高冠，雍容庙堂，道古今，处成务，可也；以大节责之，盖（石昬）中而玉表欤。

胡三省：即日离镇，既得“君命召，不伏驾”之义，亦所以遏乱原。以张献甫自随，则樊泽无所猜嫌，亦所以全献甫也。

谢肇淛：沈约之识焦明罨盖也，斛斯徵之识（錞）于也，刘杳之识挈囊也，傅弈之识金刚石也，欧献乘之识息壤也，贾耽之识虱瘕也，段成式之识报时铁也，留源之识冤气也。

赵青黎：他如设宴受代，有若贾耽。藩镇亦何负于朝廷。

李慈铭：贾元靖之待樊泽，可谓大臣之度。不纳张献甫言，恐其为变，挈以从行，弭乱效节，公忠达权，可谓大臣之心。推诚李纳，馆其兵不疑，猎其境不惧，使自畏服，不敢有谋，可谓大臣之才。及正揆席，乃亦箝于（王）叔文，虽病诸心，不能有异，乞退不得，汨汨以终。呜呼，若二公（贾耽、高郢）者，皆一代之杰，而晚节少刷，名德遂减，史册蒙议，千载合然，可不戒哉。而其始以贾高二公之宿德，郑文献杜文简之重望，同时在位，皆侥颜承顺，得非叔文之才，固有以异人，而其任八司马，所行多善政，诸公亦心服之耶。

唐朝时由于黄河年年泛滥，贾耽驻守滑台的时候，命人在城北修了一个八角井以镇黄河。井修好了，贾耽专门派人在井边守着，想听听人们的意见。果然，有个老头走过来问：“这是谁凿的井？”答曰：“贾相公。”老头叹口气说：“质量还不错，可惜啊，近东、近西、近南、近北。”人们听得一头雾水，赶紧报告到贾耽那里。贾耽想了想说：“哦，他是嫌我的井太大。”

贾耽担任义成军节度使时，适逢天大旱。贾耽召见军中两位大将，对他们说：“正值荒年，劳烦二位去拯救百姓。”二位将军说：“只要是有利于军队和民众的事，万死不辞。”贾耽笑着说：“你们受点委屈走一次长路。会有两个骑马的人，穿暗红色的衣服，骑的马迈蕃步披长鬃。他们经这市镇出城，你们要跟踪他们去。暗中观看确定他们消失的地方，我们的事情就成功了。”于是两人就带着干粮，穿上黑衣，去寻找那两个人，果然看见两个骑马穿红衣服的人，经过闹市到野外去了。那两人走了二百多里路，在一座大墓前一闪就消失了。两位将军垒起几块石头作为标记，连夜返回。贾耽闻讯后大喜，派出几百人，全都带着铁锹、箕畚，同两位将军一起前往挖掘古墓，获得陈粮数十万斛。人们怎么也猜测不出，贾耽是如何知道此处存粮的。

贾耽为相时，以忠直磊落态度辅佐皇上，凡有尚未萌发的灾福，定能根治消除。至于阴阳星相占卜之类，他也无不通晓。有个农民丢失了一头牛，到桑国师那里占卜，卦成之后，桑国师对他说：“你的牛，是贾相国偷了去放在巾帽盒里了。你只要等候上朝时突然到他面前将此事告诉他就行。”

这个老农就按国师的话去见相国。相国盘问他，便将算卦人的话告诉了他，相国在马上大笑，为他打开巾盒，取出式盘，在马鞍上运转给他看，过了一段时间，对丢牛的说：“我没偷你的牛，要想知道牛的去处，只要在安国观三门后面大槐树梢上的鹊窝去取就行。”老农径直来到三门，见槐树梢上果然有鹊巢。爬上去一看，毫无所获，便从树上下来。低头一看，丢失的那头牛正在树根下，用绳拴着吃草，草的旁边就是偷牛人的家。

《顺宗实录》

《左仆射贾耽神道碑》

《赠太傅贾公墓志铭》

《魏国公贞元十道录序》

《旧唐书·卷一百三十八·列传第八十八》

《新唐书·卷一百六十六·列传第九十一》

大中二年（848年）七月十一日，贾耽画像绘于凌烟阁。

2010年，河北沧州名人植物园立贾耽雕塑。

据《太平寰宇记》载：“贾耽墓在县南二十里居安坊。”居安坊，位于潏河北，有大居安、小居安二村，均属郭杜镇。此处原有大墓7座，大居安村北门外3座，村西北角和东北角各1座，西门外1座；小居安村东北角1座。“文化大革命”期间平毁5座，现仅留大居安村北门外两座；距村较近的1座，仅留部分残迹，距村较远的1座，现存封土堆周40余米，高6米。

2016年11月，陕西师范大学新校区博士楼旁施工工地挖掘出了一座古墓，初步断定是贾耽墓。

2011年，一本民国九年（1920年）修撰贾耽族谱现身河北省南皮县。书中录有《贾耽传》，唐朝中书侍郎权德兴写的《耽公墓铭》，唐宋八大家之一韩愈写的《耽公东都留守制》，王安石题《魏公耽遗像》以及李题《赠黄中公神童及第》等文字。

《南皮县贾氏祖谱》是在南皮县潞灌乡凤翔村贾国晏家发现的。《南皮县贾氏祖谱》两本，线装，小楷毛笔书写。书中记载了南皮贾氏始祖贾知在扬州任大都督，后迁居南皮贾家屯；三世祖贾耽的生平简介；十世贾黄中与王安石同朝为官的历史等。