赖明诏在研究生时代已在肿瘤病毒（tumor virus）癌症基因的研究做出革命性的发现。他和他的老师Peter Duesberg共同发见了癌症基因（oncogene），奠定了癌症基因变化的理论基础。他的早期研究生涯即致力于癌症病毒的研究。其后他在南加利福尼亚大学开启了冠状病毒（coronavirus）领域的研究。赖明诏发现了一些病毒现象，如基因的构造、繁殖的方式，及致病的机转等。

除了冠状病毒之外，赖明诏还研究了D型肝炎病毒、C型肝炎及流行性感冒病毒（influenza virus），发展出一种培养C型肝炎病毒的细胞，能用来研究此病毒在感染细胞后所引起的变化。经由此方法，能够了解C型肝炎病毒引起癌症的机转。

据台湾成功大学官网2007年发表的一篇文章显示，赖明诏发表的论文近300篇，且全为SCI杂志，发表学术会议论文集39篇，书籍编辑1册。

赖明诏接任台湾成功大学校长后，将学校的目标放在培养具备人文素养、国际观、沟通能力、社会关怀的领袖人才，推动让台湾成功大学强项跨领域合作研究，为了提升教学质量，特别鼓励教师减少课程，拥有更多心力做好研究与教学。

赖明诏认为，21世纪的大学生最重要的是追求自己的兴趣，不要管专业是“热”或“冷”门，不要害怕选错“门”，要多尝试新的领域，重视通识教育，提升个人的人文艺术素养，并具备良好的表达能力。

赖明诏认为，大学教育主要是为未来生涯的基础作准备，只有在通识教育的基础上才能建立起较好的专业知识。大学不应该只训练和培养顶尖的人才，而是要训练和培养适应社会各种需求的人才。

赖明诏指出，21世纪的人才不仅要具备较高的智商（IQ），还要有很好的情绪管理能力（EQ），较好的伦理观念和修养（MQ），以及对待困境和逆境的积极态度（AQ），只有具备了上述四大素质，才能做到有常识、有知识、有见识、有明识、有胆识，才能成为一个有智慧的人。

赖明诏勉励台湾义守大学学子，要热爱自己的工作，不管热门或冷门，追求自己的兴趣及理念。敢走别人不走的路，不怕选错领域，在工作上比别人更勤奋，并于学生时代好好培养表达能力，就能开创属于自己的一片天。所谓的成功，是小而渐进的目标（stepwise goals），注重的是过程，而不一定限于目标。

赖明诏是D型肝炎研究的拓荒者，在C型肝炎病毒研究上，也建立了国际声誉。（台湾成功大学原校长马哲儒评）

赖明诏是国际微生物病毒的前驱者，在冠状病毒和肝炎病毒的研究上，成就卓著，备受国际瞩目。（时任佛光大学校长翁政义评）

赖明诏拥有一颗热忱的心，以及为提升台湾成功大学走向一流的奉献的心。（时任台湾成功大学副校长黄煌煇评）

赖明诏自1975年以来一直从事冠状病毒研究，是美国这一领域的先驱人物。（新华网评）

赖明诏对台湾地区科研界及学界贡献甚多，在台湾地区、国际学术界享有崇高地位。（台湾大学评）

有冠状病毒之父之称的赖明昭院士，为国际微生物病毒前驱者，更是全世界公认的冠状病毒及肝炎病毒权威。（时任台湾义守大学校长萧介夫评）