同年6月，袁世凯下令免去李烈钧江西都督职，任命副总统黎元洪兼江西都督。7月，“二次革命”爆发，李烈钧被推为讨袁军总司令，率部举行湖口起义。同月，李纯率北洋第6师入赣镇压。7月12日，赣军第2师在北洋军水陆两路进攻下，刘世钧率部投敌;8月中旬，第1师战败后,余部逃至湖南被遣散。

讨袁军总司令部亦被遣散，李烈钧逃往日本。9月，北京政府任命李纯任江西都督。又收编讨袁军残部7个团，编为第1、第2、第3旅。10月，成立江西陆军第6混成旅。1914年，第1、第3旅相继裁撤，仅剩步兵第2旅，李廷玉任旅长；第6混成旅，丁效兰任旅长。同年8月，又将第6混成旅改称第9混成旅。

1915年冬，李纯乘袁世凯图谋称帝、北洋第6师调离江西之机，请准增兵，派员北上招募6000余人至赣，编为省防步兵第1、第2、第3、第4团。1916年1月，又成立江西陆军第3混成旅，黄振魁任旅长。1917年8月，李纯调任江苏督军，中央第12师师长陈光远继任江西督军，第12师随之入赣，下辖第23旅，张之杰任旅长;第24旅，岳北麟任旅长。

1922年5月，孙中山第二次返粤，任非常大总统，派李烈钧率北伐军入赣，连克赣州、吉安等地，将江西混成第3旅击散。接着，北伐军沿江而下，直指南昌，又将中央陆军第12师打败。6月，陈光远兵败下野，由蔡成勋任江西督军，周荫人升任第12师师长。

1923年3月周率第12师随孙传芳入闽。1924年，滇军杨池生、杨如轩离粤入赣，在赣组成滇军第1、第2师。同年春，重建江西陆军第3混成旅，张庆昶任旅长；新建江西陆军第1混成旅，赣东镇守使刘宝题兼任旅长。同年12月，第二次直奉战争后，赣南镇守使方本仁联络江西各

军反对蔡成勋。蔡成勋出走福建，北京政府任命方本仁为江西军务善后督办。1925年初,方本仁改编驻赣部队，以江西混成第3旅、中央陆军第23混成旅、江西第2旅、河南暂编第1师第3团、中央陆军第1师及两个省防步兵团改编为江西第1、第2、第3、第4师，唐福山、蒋镇臣、冯绍闳、赖世璜分别任师长；另以江西混成第9旅及1个省防步兵团改编为中央陆军第1师。后又将滇军第2师改编为中央暂编第6师。

1925年10月，孙传芳在杭州宣布成立闽浙苏皖赣五省联军，任方本仁为赣军总司令。1926年初，冯绍闳率第3师赴江苏，受孙传芳改编。3月，邓如琢起兵驱方本仁，由邓任江西军务善后督办兼赣军总司令。

赣军编制序列（1926年初）

中央陆军第1师 师长邓如琢（兼）

第一旅 旅长 刘宝题

第二旅 旅长 秦虎宸

中央暂编第6师 师长 杨如轩

第11旅 旅长洪汝钧

第12旅 旅长 王鸿麟

江西陆军第1师 师长 唐福山

第一旅 旅长 李钧

第2旅 旅长 傅应珩

江西陆军第2师 师长 蒋镇臣

第3旅 旅长 朱铭恩

第4旅 旅长 王麟庆

江西陆军第4师 师长 赖世璜

第7旅 旅长 吴建中

第8旅 旅长 谢杰

中央陆军第9混成旅 旅长 赵俊卿

江西陆军第1混成旅 旅长 云更生