2019年3月6日，长兴隧道、寨里隧道相继实现贯通。7月16日，赣深高速铁路东莞段首榀箱梁完成架设。12月3日，伍屋隧道实现贯通。12月25日，赣深高速铁路广东段首座特大桥（新建跨京九铁路特大桥）完成转体。

2020年3月25日，赣深高速铁路广东段首座7000米以上双线长大隧道贯通。8月29日，赣深高速铁路两省交界段所有咽喉性工程打通。12月6日，赣深高速铁路江西段隧道全部贯通。12月26日，赣深高速铁路全线开始铺轨。

2021年1月20日，赣深高速铁路东莞段隧道全部贯通。1月20日，赣深高速铁路上跨广深港高速铁路箱梁完成横移。2月1日，赣深高速铁路广东段开始铺轨。2月23日，赣深高速铁路河源段箱梁架设全部完成。3月20日，赣深高速铁路广东段隧道全线贯通。3月22日，赣深高速铁路江西段站房主体全部完工。5月16日，赣深高速铁路江西段正线钢轨铺设全部完成。5月27日，赣深高速铁路广东段南端大里程方向正线铺轨全部完成。6月，中国国家铁路集团有限公司下发《国铁集团关于公布赣州至深圳高速铁路有关名称的通知》，新建赣深高速铁路（京港高速铁路赣深段）沿线车站名称正式确定。6月12日，赣深高速铁路全线轨道铺设正式贯通。6月28日，赣深高速铁路广东段正式进入电气化施工阶段。8月12日，赣深高速铁路全线开展冷滑试验。9月8日，赣深高速铁路江西段进入联调联试阶段。9月9日，赣深高速铁路实现全线“电通”。9月12日，55690次黄色高速列车CRH380AJ-0202驶出深圳北站，标志着赣深高速铁路广东段进入联调联试阶段。9月25日，赣深高速铁路引入广深铁路线路在东莞塘厦镇拨接完成，标志着列车可通过联络线（莞塘广、莞塘深）转入广深铁路，实现广州东站、深圳站与赣州的相互直达。10月28日，赣深高速铁路江西段进入运行试验阶段。11月27日，赣深高速铁路全线进入按图试运行阶段。12月10日，赣深高速铁路开通运营。

2023年4月，深圳市规划和自然资源局公示关于深圳枢纽新建西丽站、赣深高铁（阳台山至西丽站段）正线、深圳北动车所建设工程三个项目的选址规划设计条件及基本生态控制线占用方案（草案），于5月23日前向社会征求意见。

截至2021年12月，赣深高速铁路全线共设13座车站，其中江西段4座、广东段9座：赣州西站、信丰西站、龙南东站、定南南站、和平北站、龙川西站、河源北站、河源东站、博罗北站、惠州北站、仲恺站、东莞南站、光明城站。

赣深高速铁路正线自赣州西站南端引出，跨上犹江、章水、既有京九铁路后沿粤赣高速公路东侧至信丰设信丰西站，沿粤赣高速公路南下经龙南东站、定南南站至赣粤省界，南下入粤经和平县，在阳明镇设和平北站后沿京九铁路和浰江折向东南，在佗城镇汕昆高速公路南侧设龙川西站，沿东江、京九铁路通道折向西南至东源县黄田镇设河源北站，于江东新区迎客大道附近设河源东站，出站后跨东江沿京九铁路东侧南行经博罗县麻陂镇设博罗北站，在惠州市小金口与广汕铁路并站分场设惠州北站，在惠州仲恺高新区潼侨镇经仲恺站出惠州北站跨东江、京九铁路、广深铁路在东莞市塘厦镇设东莞南站，经光明城站最终接入深圳北站。线路途经江西省赣州市、广东省河源市、惠州市、东莞市、深圳市，线路长度约436.37千米，其中广东省境内301.8千米。

截至2021年9月，赣深高速铁路沿线共有8座220千伏牵引变电站。

2021年12月10日9时，G4640次和G2197次动车组列车分别从深圳北站、赣州西站相向开出，标志着赣深高速铁路开通运营。南昌、赣州至深圳的最快旅行时间分别由4小时42分、5小时32分压缩至3小时30分、1小时49分。赣深高速铁路通车后，铁路部门安排开行动车组列车22对，初期运营时速300公里；2022年1月10日全国铁路运行图调整时，将按照日常线、周末线、高峰线安排列车开行，单日开行动车组列车最高将达92对。

2022年1月10日，京港高铁赣州至深圳段开通运营“满月”。一个月以来，赣深高铁共计发送乘客22万人次。

2022年1月10日零时起，赣深高铁实行新的列车运行图，开行动车组列车将达到100对。

截至2022年1月10日，赣深高铁（江西段）共发送旅客14.4万人次。

赣深高速铁路位于赣南、粤北山区，途经河源万绿湖、龙南九连山等人文景观和自然保护区，软土、松软土、软岩、危岩落石地段多，建设施工难度大。

赣深高速铁路江西段地处罗霄山脉，沿线地形起伏剧烈，山势陡峭，桥隧比达87.1%。线路多次跨越高速公路干线、京九铁路，多次穿过岩体破碎带等复杂地质段，施工难度高。

赣深高速铁路广东段沿线地形地貌、地质条件复杂，全线桥隧比达到86.87%。

林寨隧道全长6236米，位于河源市和平县林寨镇，是赣深高速铁路广东段重点控制性工程之一，采用单洞双线结构设计。隧道工程水文地质条件复杂，其中隧道Ⅳ、Ⅴ级围岩占全长1/3以上，岩石风化严重，施工中穿越了4条断层、4条裂隙发育带，1条侵入接触带，裂隙水丰富，是赣深高速铁路全线高风险隧道之一。

2018年3月31日，林寨隧道双线正式动工。2021年3月20日，林寨隧道贯通。

剑潭东江特大桥全长925.74米，本桥为四线桥，主跨260米，桥面宽31.2米，主桥桥式布置为中穿矮塔混合梁斜拉桥，其中主跨260米上跨东江，边跨136米分别跨越左右两岸的惠博大道及南堤大道，桥面宽31.3米。主桥采用塔梁墩固结体系，水中基础、主墩、主梁及塔柱施工难度大、风险高。大桥是建成时全球最大跨度和宽度的四线高速铁路矮塔斜拉桥。其中，大桥15号块820吨的重量刷新了中国单节段桥体最重的纪录。

2021年1月31日，剑潭东江特大桥实现合龙。

羊台山“燕尾式”隧道位于广东省深圳市境内，全长3534.57米，主隧道与深圳北上行联络线羊台山一号隧道、下行联络线羊台山二号隧道呈“燕尾式”出岔前行。该隧道具有施工工序转换衔接复杂，施工干扰多、技术难度较大等特点，是赣深高铁全线4个二级风险隧道之一。

2021年1月18日，羊台山隧道贯通。

关西隧道全长4843米，是赣深高速铁路重点控制性工程，采用单洞双线结构设计。隧道工程水文地质条件复杂，穿越9条断层破碎带，最大埋深198米，最浅处仅8米，施工安全风险高。

2020年12月6日，关西隧道贯通。

水田特大桥位于广东省深圳市宝安区境内，大桥全长3029.94米，是全线“八桥八隧”重点难点控制性工程之一。

2020年11月9日，水田特大桥221.5米连续梁合龙。

伯公坳1号隧道全长404.29米，位于广东省深圳市境内，是赣深高铁全线仅有的两个一级风险隧道之一，是赣深高铁咽喉工程。伯公坳1号隧道是全线唯一一座上跨高铁运营线施工的高风险隧道，小角度上跨已运营的广深港高铁，施工中对技术管控、安全、质量等要求极高。为确保既有运营线隧道施工安全，建设者最终采用“数码电子雷管精准控制爆破+既有隧道内全方位监测”的方案，实现了高精度微差减震控制爆破的目的。

2020年10月23日，伯公坳1号隧道贯通。

银瓶山隧道全长9813.37米，是赣深高速铁路广东段第二长隧，是全线重点控制性工程。隧道穿越地区多为高地应力区域，极易发生岩爆灾害。为确保施工安全，建设者开展技术攻关，采用聚能水压光面爆破技术，在爆破时减少围岩扰动，提高保留岩体的完整性和稳定性，大幅降低岩爆发生率。此外，银瓶山隧道穿越银瓶山国家森林公园，环保要求极高。在确保施工质量的同时，建设者优化施工方案，减少山体开挖及林地占用面积，对施工排水进行严格沉降和净化处理，全力保护一级水源保护区的生态环境。

2020年9月24日，银瓶山隧道贯通。

柳城东江特大桥全长2600.76米，采用（64+108+64）米连续梁上跨京九铁路与205国道，其中主跨108米跨京九铁路的梁部转体施工难度大、安全风险高，边跨跨越205国道。

2020年9月12日，赣深高速铁路柳城东江特大桥双跨京九铁路、205国道两个巨型连续梁同步成功转体。

松岗山隧道位于广东省河源市和平县境内，全长9881米，是赣深高速铁路广东段最长隧道，同时也是全线控制性工程和重难点工程。隧道最大埋深约353米，因隧道围岩破碎，节理裂隙及断层发育，施工时极易发生突水、塌方危险，出口区段以小角度下穿既有京九铁路，两端紧邻既有隧道，安全风险高，施工作业条件极为复杂。

2018年4月2日，松岗山隧道正式进洞施工。2020年8月29日，松岗山隧道贯通。

龙南隧道位于赣州市全南县、龙南市境内，全长10.24公里，穿越12条断层破碎带，是赣深高速铁路全线的重难点控制性工程、一级高风险隧道，是赣深高速铁路全线最长隧道。龙南隧道设两个斜井，分段开挖，整个隧道分5个工作面同步开展施工作业。针对隧道围岩地质条件较差的情况，参建者采用超前地质预报方式，掌握围岩地质和水文情况，全面实行机械化配套施工，同时将超高分子逃生管和隧道施工救生舱应用于隧道施工。

2020年8月19日，龙南隧道贯通。

礼亨跨京九铁路特大桥是赣深高铁全线跨度最大、最重的转体桥。转体桥跨越的京九铁路是纵贯中国南北的交通大动脉，建设者多次模拟演练，并制定多套应急方案，采取“先建后转”的方法，得以在天窗时间内让转体桥完成转体。

2020年6月3日，礼亨跨京九铁路特大桥成功转体。

横岭隧道双线长约7875米，是赣深高速铁路重难点控制性工程。整座隧道围岩稳定性极差，地质复杂，局部为断层破裂带，地下水丰富，存在突水突泥等风险。

2017年3月31日，横岭隧道开工建设。2020年3月25日，横岭隧道贯通。

老石寨隧道穿越河源市龙川县、和平县，全长2730米，施工过程中遭遇地质断裂带，岩层破碎、节理发育，加之围岩裂隙发育且富水，施工过程中涌水、坍塌和变形严重，施工难度大。

2020年10月16日，老石寨隧道贯通。

赣深高速铁路跨龙河高速公路及京九铁路特大桥位于赣州市龙南市关西镇，全长746.38米，转体连续梁采用176米（48+80+48）连续梁跨越京九铁路，为全线重点控制性工程。为确保施工安全，最大限度减少桥梁施工对既有线运营的影响，施工采用“先建后转再合龙”的方法。即：梁部施工分为悬臂施工和转体施工两部分，首先在京九铁路两侧平行铁路方向按照悬臂浇筑法完成两个主墩施工和除合龙段之外的梁体浇筑施工，再利用预设的转动系统进行平转，转体角度38°，转体重量共6700吨，转体长度78米，转体完成后采用“吊架法”完成梁体合龙施工。

2020年4月30日5时10分，赣深高速铁路跨龙河高速公路及京九铁路特大桥完成转体施工。

2019年5月，《深圳铁路枢纽总图规划（2016—2030年）》获得中国铁路总公司、广东省人民政府批复。根据批复，深圳铁路客运系统布局从原来的“两主三辅”变为“三主四辅”，包括深圳北站、西丽站、深圳站及深圳东站、福田站、深圳机场站、深圳坪山站等。根据批复，深圳北站办理部分赣深高速铁路动车始发终到作业，西丽站办理赣深高速铁路动车始发终到作业。

赣深高速铁路是中国“八纵八横”高速铁路网京港（台）通道的重要组成部分，北接已通车运营的昌赣高速铁路（京港高速铁路昌赣段），南连既有的广深港高速铁路和杭深铁路，形成华中地区连通粤港澳大湾区的快速客运通道。江西与粤港澳大湾区间形成快速客运通道，赣闽粤原中央苏区将迎来发展新机遇。（新华社 评）

赣深高速铁路作为中国南北大通道京港高速铁路的重要组成部分，是沟通南北经济文化交流的重要纽带，对于推动赣粤地区协调发展、促进赣南等原中央苏区振兴发展具有重要意义。（新华社 评）

赣深铁路是赣粤东北部的一条经济大动脉，建成通车后，对缓解京九铁路南昌至深圳间运输紧张状况、推动粤港澳大湾区的深度融合、发挥珠三角地区辐射带动作用、落实国家“中部崛起计划”“赣闽粤原中央苏区振兴发展规划”战略意义重大。（中央广电总台国际在线 评）

赣深高铁开通后，赣州至深圳的最快铁路旅行时间由原来的五个多小时压缩至两小时以内，南昌经赣州至深圳的最快铁路旅行时间由九个多小时压缩至四小时以内。

2023年11月，新建赣深铁路广东段站房工程GSSG-16标（惠州北站）入选“2022～2023年度第二批中国建设工程鲁班奖（国家优质工程）”。