苗腐：由种子带菌或土壤中的病菌侵染所致。先是芽变褐，然后根冠腐烂。轻者病苗黄瘦，重者幼苗死亡。手拔病株易自腐烂处拉断，断口褐色，带有黏性的腐烂组织。

茎基腐：腐幼苗出土至成熟均可发生，麦株基部组织受害后变褐腐烂，致全株枯死。

秆腐：多发生在穗下第一、二节，初在叶鞘上出现水渍状褪绿斑，后扩展为淡褐色至红褐色不规则形斑，病斑也可向茎内扩展。病情严重时，造成病部以上枯黄，有时不能抽穗或抽出枯黄穗。

穗腐：发生初期，在小穗和颖片上出现小的水渍状淡褐色病斑，后逐渐扩大至整个小穗，小穗枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上密生小黑点，即子囊壳。后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗形成枯白穗。

小麦赤霉病在中国南方冬麦区，如长江中、下游冬麦区、川滇冬麦区、华南冬麦区和东北三江平原春麦区等地经常流行为害。

病原菌主要以菌丝体在寄住病残体上或种子上越夏、越冬，也可在土壤中营腐生生活而越冬。春天，在病残体上形成子囊壳，条件适宜时子囊壳释放子囊孢子，借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发，先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层，经风雨传播引起再侵染。

小麦生长的各个阶段都能受害，苗期侵染引小麦赤霉病的发生流行主要与小麦生育期、气候条件、菌源等因素引起苗腐，中后期侵染引起秆腐和穗腐，以穗腐危害性最大。病菌最先侵染部位主要是花药，其次为颖片内侧壁。通常一个麦穗的小穗先发病，然后迅速扩展到穗轴，进而使其上部其他小穗迅速失水枯死而不能结实。扬花期侵染，灌浆期显症，成熟期成灾。小麦扬花期感染率最高，特别在齐穗后20天内最易感病。小麦抽穗至灌浆期雨日的多少是病害发生轻重的最重要因素。此时，阴雨日数超过50%，病害就可能流行，超过70%就可能大流行，40%以下为轻发生。在有大量菌原存在的条件下，小麦抽穗扬花期连续阴雨3天以上或有大雾及露水大天气，气温若保持在15℃以上，就有严重发生的可能。开花灌浆阶段闷热、连续降雨、潮湿多雾的天气，发病重。迟熟、不耐肥的品种，发病重。田间病残体数量大，带菌量高的地块，发病重。地势低洼，排水不良，土素质黏重，偏施氮肥，田间潮湿郁闭，发病重。

小麦赤霉病的防治方法主要是以选用抗菌品种为基础，以药剂拌种作为重要措施，以农业防治紧抓不放，以化学防治为重点，将小麦赤霉病控制好、防治好，确保小麦丰产丰收。

2024年5月，全国小麦抗赤病育种工作推进会议上，中国工程院院士、国家小麦育种联合攻关首席专家许为钢透露，中国通过利用分子育种技术，已攻克了限制赤霉病抗性改良的关键难点，创造出一批高抗赤霉病、综合性状优良的优异新种质。

选用抗病品种，培育无病种子田，深耕灭茬，清洁田园，减少和控制病菌来源。

化学防治赤霉病宜在小麦抽穗后至扬花初期结合防治吸浆虫、麦蚜、白粉病，及防止小麦后期干热风一起喷治。可选用以下药剂：

2020年9月15日，小麦赤霉病被中国农业农村部列入《一类农作物病虫害名录》。

2023年3月7日，被农业农村部列入《一类农作物病虫害名录（2023年）》。