瑞士同时被迫接受了与法国结盟的协议，破坏了其中立的传统。

1798年12月分省的计划，未实现赫尔维蒂共和国下分州，在过去这些州实际上自主，但是在共和国里它们只是行政区域而已。为了打破过去的结构，州的界线也被重新分划。日内瓦、米卢斯、纳沙泰尔州、比尔等地不再属于赫尔维蒂共和国。根据赫尔维蒂共和国宪法一开始分22个州，后来改为20个：

阿尔高州

巴登州，1802年7月20日并入阿尔高州

巴塞尔州

贝林佐纳州，1802年7月20日与卢加诺州合并为提契诺州

伯尔尼州弗里堡州

弗里克谷州，1802年2月20日成立，原属奥地利

雷梦州

林特州

卢加诺州，1802年7月20日与贝林佐纳州合并为提契诺州

卢塞恩州

高地州，伯尔尼高地，1802年7月20日并入伯尔尼州

雷提亚州，1799年4月21日加入

圣提斯州，1801年9月改名为阿彭策尔州

沙夫豪森州

索洛图恩州

图尔高州

瓦尔德施泰腾州，1801年11月5日分裂为四个州

瓦莱州

苏黎世州

1798年春赫尔维蒂共和国政府开始进行一系列改革来实现革命的原则。大多数这些改革因为经济困难已经政治动荡而没有实现，或者虽然写成法律但是没有人执行。

个人自由：从1798年5月28日起以“公民”取代“先生”为称呼。封建制度被取消，对犹太人收的特殊税被取消，酷刑被禁止。

世俗化：1798年春所有修道院财产被国有化，修道院不准收学徒。1803年共和国还达到了禁止所有在国外的亲王、修道院对瑞士境内他们原来的领地的控制。

经济、职业和贸易自由化：1798年秋行会被取消，实行职业自由，工业得以自由发展。

建立国家服务：从1799年起赫尔维蒂邮政开始工作，在全国实行统一价格。1799年3月19日铸币业国有化，引入瑞士法郎。但是新引入的硬币仅仅扩大了硬币的混乱。由于政府不肯发行纸币，因此瑞士法郎没有能够通行。

取消什一奉献：1798年11月10日的法律规定重新处理农民必须交的什一奉献。水果、蔬菜等的什一奉献被完全取消。谷物、饲料、葡萄酒等的什一奉献通过国家向原来的领主交付15倍的钱币取代。革命前农民必须用产物来交地税，改革后他们可以通过交20倍的钱币取代。但是由于经济困难这些措施于1800年9月15日又被取消，这导致许多受影响的农民不满。许多地方农民冲入地方政府机关销毁相关的文献。

设立国家学校制度：1798年每个州设立一个八人教育委员会，这个委员会的任务在于独立地、不受教会影响地管理每个州的学校，任命每个区的学校督察。本来还计划设立不同种类的学校以及引入普及教育制。

司法改革是赫尔维蒂宪法的一部分。不平等被取消，农奴制被取消，设立统一的公民权。犹太人不必再交犹太税，但是没有授予他们公民权。妇女也没有获得平等。设立民法和刑法。民法基本上没有能够建立，1799年5月4日刑法设立。

赫尔维蒂共和国的国旗是一面三色旗，它是1799年2月13日正式引入的，由绿红黄三个颜色组成。在红色中写着国名。在一些变体中在其它颜色里也写有字样。

根据赫尔维蒂宪法洛桑是共和国首都。但是因为1798年4月共和国是在阿尔劳宣布成立的，而议会于1798年10月9日才迁到洛桑因此阿尔劳常被称为是首都。1800年1月政变和1802年5月29日生效的玛尔梅森宪法将议会和政府驻地定为伯尔尼，这个情况一直延续到共和国结束。