这时中日战争已经爆发，献县教区先后发生了2次不幸事件：1939年7月15日，教区设在河间的大修院有24名师生被日军认为私通八路军而遭活埋。1941年9月8日，教区云台山墓地附近有3名亲日分子被隐藏在教堂内的八路军小分队杀死，致使神父、修士、贞女等21人被日军枪挑、活埋，包括赵振声主教本人在内有近百人被日军逮捕。而主教座堂的西大院也在1942年被日军强占。于是，献县、永年、大名和景县4个教区为安全起见，决定联合在奥地利主教负责的新成立的景县教区开办若石总修院（St. Joseph Seminary）。

抗战结束后，1946年4月11日，梵蒂冈在中国实行圣统制，献县代牧区改为正式的献县教区。但这时河北农村大部分地区已经被共产党占领，献县及其附近的教区开始遭受严厉的清算斗争，莫名其妙的巨额赔款使教区经济陷入拮据。献县耶稣会和在景县的若石总修院都被迫迁移到北平，赵振声主教也流亡到平津一带。1948年5月，赵振声主教接替赴美的田耕莘枢机，任北京总教区代理总主教。后回教区续掌教务。1949年，献县教区在全国各教区中第一个转移大批修生出境，将当时在北平若石神学院的48位修生辗转送到菲律宾。这些神父们后来在献县教区的重建上发挥了重要作用，引进大量资源。

1949年，政府医院、中学、粮库占用主教座堂4/5的房屋。1955年，东大院为人民委员会和中学相继占用。1956年，县卫生院改名献县人民医院，又占用整个西大院。

1949年3月至1953年5月，赵振声隐藏在交河县郝村秘密传教。1953年5月至1953年9月，在献县东双坦村隐藏。1953年10月起，赵振声继续任献县教区主教。

1956年7月19日至25日，赵振声与王文成主教、易宣化主教、李伯渔主教、李维光代主教及杨士达、汤履道等36位主教、神父、教友一道发起的中国天主教友爱国会预备会议在北京举行。会议讨论通过成立中国天主教友爱国会。1956年7月26日，在中南海紫光阁受到周恩来总理的接见。1957年8月3日，中国天主教爱国会成立，赵振声当选为8位副主席之一（列名顺序依次为上海教区杨士达教友、周至教区李伯渔主教、南京教区李维光代总主教、南充教区王文成主教、献县教区赵振声主教、济南教区董文隆代主教、天津教区李德培神父、太原教区曹道生教友），1957年12月当选为河北省天主教爱国会主席。1962年1月当选为全国神学院校董事会副董事长。他是第一、二、三届河北省政协委员，三届一次全国政协会议列席代表。

1966年，文化大革命开始，中国天主教会遭到了毁灭性的打击，献县教区各机构全数关闭，主教座堂被拆毁，主教、神父、修女、教友受尽凌辱、监禁和苦刑，无一幸免，仅死于狱中的神父就有十几位。1967年2月25日，赵振声主教被捕，1968年10月15日在狱中去世，终年74岁。

2006年10月，获官方同意，赵振声曾任主教的天主教献县教区举行成立一百五十年庆典，两万多名信众参与，是中国大陆多年来规模最大的宗教聚会。这个教区已拥有六万五千名信徒，教堂超过一百五十座。年轻的主教李连贵，既是按照中国官方要求自选自圣，又获得罗马教廷任命。

1937年-1949年

1937年7月，抗日战争爆发；不久，献县等地相继沦陷，赵振声避难于天津工商学院。

1937年12月2日，教廷委任赵振声为天主教献县代牧区主教，领衔Bisica城（位于今北非突尼斯）主教。1938年3月27日（即严斋期第四主日），于张家庄耶稣圣心堂接受了永年代牧区主教崔守恂（Tsoei Shou-hsn）的祝圣。1939年4月，赵振声将景县、阜城、东光、南宫等十二个县划出，成立天主教景县监牧区。

此时，日伪当局为霸占献县教区教产，百般寻衅。1939年7月，日军突袭献县总堂，逮捕在总堂避难的教区大修院修士等20多人；将其全部活埋；1941年9月9日，日军借口亲日分子被杀，将赵振声以及神父、修女等全部软禁于云台山，后将赵振声以及3位神父移居献县县城，1941年11月22日，被迫将赵振声以及主教座堂人员释放（其余被日军杀死）。赵振声为避免被日军要挟，于1941年11月下旬，经河北景县，返回天津工商学院。

1942年8月，日军强占献县总堂西院的天主堂医院、修女会院以及女子学校；此后多次借口搜查总堂，直至抗日战争结束。

1946年4月11日，教廷宣布建立中国圣统，天主教献县代牧区升格为献县教区；不久，献县教区先是陷入了国共内战的烽火，后来又遭到了解放区政权严厉的政治清算，教区管理瘫痪；1946年12月，赵振声因对共产党心存恐惧，遂赴天津工商学院居住。

1947年4月20日，赵振声于北平西什库天主堂祝圣奥地利籍耶稣会会士凌安澜（Leopoldo Brellinger S.J.）为天主教景县教区主教。

1948年5月，受前往上海疗养的北平总主教区总主教田耕莘枢机的委托，代理北平总主教区教务，并根据教廷驻华公使黎培里总主教的“应变”训令，将教区修院以及北平若石总修院的修生全部转移至国外。

1949年-1966年

1949年3月，北平解放；赵振声不愿意与新政权发生关系，便返回河北省交河县郝村隐居，后至献县东双坦村秘密传教。1953年5月，接受政府的劝告，继续担任献县教区主教；他表示支持教会反帝爱国运动，并亲自参加生产建设；在教会与政府之间做了很多有益的工作。1956年初，赵振声当选河北省政协委员会委员。

1956年7月，赵振声代表献县教区，赴北京参加全国天主教代表会议；期间赞成自办教会原则，表示教会愿意为社会主义建设服务，但是坚决拒绝脱离教宗以及反对梵蒂冈，为此在会上受到了严厉批判。

1958年5月，赵振声被选为河北省天主教爱国会主席；后来又当选为中国天主教爱国会副主席；1962年1月，参与了全国修院的筹建工作，并当选为董事会副董事长，受到了毛泽东、周恩来等国家领导人的接见。1962年6月，赵振声在政府的帮助下，开始编撰教区历史，并亲自翻译了大量的外籍传教士所留下的历史资料。

1966年-1981年

文化大革命开始以后，献县教区所属机构全部关闭，主教座堂被拆毁。1967年2月25日，赵振声被逮捕；软禁于献县公安局监所。

1968年10月15日，赵振声病逝于献县监所中，被草草埋葬于献县机井指挥部的院后。

1979年，河北省宗教局协同献县公安局对赵振声案进行了复查，给予平反，恢复名誉。

1981年4月3日，将赵振声以及另外两名神父的遗骸迁移至献县教区云台山墓地进行了重新安葬。