乾隆四十年，赵秉渊呈请开浚家乡都台浦。

乾隆四十八年正月，赵秉渊入直军机处行走。参与《四库全书》编纂，任缮书处分校官。转兵部职方司主事，京察一等。

乾隆五十三年，赵秉渊出补四川眉州直隶州知州，修“三苏祠”，恤其裔孙。

乾隆五十八年，赵秉渊以西藏大功告竣，升重庆府知府。嘉庆四年荐调成都府知府。历年西藏及苗匪滋事，随经略将军、各大帅，总理前藏、湖北、川东、川北粮台事务，获理川东“兵备道”，以军功，奉旨赏戴花翎，钦加“道”衔，著回本任候升，卒于任。赵秉渊诰授中宪大夫。

赵秉渊性康慨，善言事，急公爱民，居官廉洁，待戚党有恩谊，为亲族钦敬焉。嘉庆十年卒于成都府任，士民僚属无不伤悼。据同治十年版《上海县志》赵秉渊著有“退密删存稿”二卷（上海图书馆藏书号473649、长1472）、“小斜川藂藁”一卷（上海图书馆藏书号444869）、及“卯君初稿”。