宇宙世纪0079。在地球联邦政府的指挥下，人类开始向宇宙开始移民的早期岁月。面对几年前火星基地的毁灭事件，不可否认存在未知的攻击性敌人。

为了对付这种情况，地球联邦政府在世界各地设立了防卫队，来应对人类以外的敌人。但是，意外中的敌人频频出现。机械兽军团、恐龙帝国、夏古帝国、机器人帝国等拥有超技术的势力，使得那些防卫队无力抵御。

防卫队极东支部深受这种事态的困绕。于是向光子力研究所、早乙女研究所、地球防卫组、竹尾会社、最上重工等民间力量请求协助，一同来对抗敌人的威胁。

在这种状况中，对联邦着重保卫地球的姿态不满的团体开始出现。

以SIDE3为中心的吉翁公国，以及处于月面的统一帝国基加诺斯，在同样的宇宙移民者的选民思想推动下形成了统一战线，挑起了对地球联邦的独立战争。进入战争的紧张态势已经过去了几个月了……