而超级计算机或称巨型机(supercomputer)指能解决复杂计算的大型、非常快速、价格昂贵的计算机，通常这类机器还具有流水线部件和执行向量运算指令等功能。超级计算与超级计算机之间的差别：超级计算是用计算机去研究、设计产品及支持复杂的决策；而超级计算机则是解决上述问题的计算机。因此，超级计算不能混同于超级计算机，其内涵除了属于最领先的计算硬件系统外，还应包括着软件系统和测试工具、解决复杂计算的算法、应用软件与通用库等。

值得强调的是，上述说法中把高性能(或超级)计算机和有效应用两件事摆在同样重要的位置。一方面，如果没有高性能计算机的迫切的非它不可的应用需求，发展高性能计算机就会没有依据和市场。美国政府1991年制定“高性能计算与通信(HPCC)”计划的核心正是确认和研究一组“重大挑战”应用课题，这类课题涉及气候与气象、污染、材料、分子与原子、流体、燃烧等难以一一列举，它们需要每秒万亿次的计算机，解决难度很大，日本政府也于1992年颁布“真实世界计算（RWC）”计划，旨在模仿人类凭直觉判断问题的方式，处理真实世界中那些模糊的、复杂的、不确定的信息，形成信息处理新风范，目标包括含100万个处理机的并行计算机和有100万个单元的神经网络系统。另一方面，即便有了高性能计算机和重大课题，也未必就能用好计算机有效解决课题。事实上多数高性能计算机好造不好用(或没用好)而匆匆被载人史册。因此，为发发展高性能计算，不能重硬(机器)轻软(应用)，必须给应用投资，检验其水平最终也应看解决了哪些重大课题。