路孝植担任学校校长期间，正值农科大学脱离北京大学独立建校(由教育部直接管辖)初期，学校面临组织改组、拟定学校规划、学制调整、校园建设、农场建设等诸多新任务。农科大学农学实科学生，改为农学本科学习。在路孝植主持下，制定了《国立北京农业专门学校规程》，包括校则、管理规则、职务规则、农场规则等章。“校则”申明“该校以教授农业高等学术，养成专门人才为宗旨”，其内容有：农业专门学校本科之修业年限为三年；农业专门学校得设预科，修业年限为一年；农业专门学校得为本科毕业生设研究科，其年限为一年以上；农业专门学校分为五科，即农学科、林学科、兽医学科、蚕业学科、水产学科，如在殖民垦荒之地，得兼设土木工学科。除制定各种规程以稳定学校的学习秩序，创造良好的学习环境外，还致力于实习场所的建设。如：进行规划学生实习地工作，开辟该校荒地42亩为稻田，试种旱稻，因而有“陆稻庄”(与罗道庄谐音)之称；增设了林场，划该校稻田南北岸土山及附近旱地(即后来的玉渊潭南北洋槐林场)为造林及培育树苗实习之用；划该校龙王庙附近地方为林科实习之用；等等。这一时期，办学有了明显进展。1916年，教育部开专门以上学校成绩品展览会，该校送成绩品502种，经审查会评定，列为甲等，奖给一等奖状。此间，路孝植有颇多建树。在路孝植执掌该校期间，从1916年开始，每年毕业班的学生都赴外地和日本参观、考察，并形成了制度。