嘉靖十三年（1534年）吕经升为都察院右副都御史，巡抚辽东。在此期间，他革除旧制，削减军队余丁，回收军马草地，以减轻人民负担。具体做法是将原供养一个军士收三丁的赋税供给削减为一丁，并将原拨给每匹军马50亩牧草地收归地方，还派兵修筑长城。由于操之过急，督促过当，激起了军队的不满，终于酿成一场兵乱。

乱兵殴官吏，毁府门，烧均徭册籍，并于幽室中搜得吕经，毁其衣冠，囚之都司署内。这时，监军的宦宫王纯又借此给吕经编造了11条罪状，上奏朝廷，吕经被捕下狱，流放茂州