截至2009年1月：

国内航线：日内瓦、卢加诺及苏黎世

国际定期航线：罗马市、福贾、巴勒莫、米兰

国际非定期航线：卡利亚里、杜塞尔多夫（门兴格拉德巴赫）、奥尔比亚

达尔文航空经常替瑞士国际航空执飞卢加诺至苏黎世间的航线。

达尔文航空经常与Baboo航空共享卢加诺至日内瓦间的航线代码。