虽然迈克尔·约翰森自幼支持利兹联，但却是埃弗顿的学徒球员。2004年曼城把迈克尔·约翰森签下，成为曼城青年队的主力，助球队进入英格兰足总青年杯决赛。迈克尔·约翰森的出色表现助他于2006年获得一队上阵机会，获发33号球衣。2006年10月21日，他首次参加英超，曼城最终以4-0击败维冈竞技。

2007/08年赛季，迈克尔·约翰森改穿6号球衣。