2022年3月，为切实做好疫情防控工作，连云港城市动车停运。

连云港城市动车途经海州区、连云区，线路西起连云港站，连接主城区与自贸区、开发区与东部海滨城区，东至连云站。计划西延至东海县站。沿线设连云港站、盐坨站、连云港东站、墟沟站、连云站5个车站。

2019年12月30日，连云港城市动车初期开行班次每天11对（22趟），其中：连云港站-连云站10对，连云港站-连云港东站1对。

2021年6月25日起，连云港城市动车启用新的时刻表。

连云港城市动车采用大小交路混跑模式，大交路从连云港站到连云站，单趟运营时间为43分钟，小交路从连云港站到连云港东站，单趟运营时间最少时间为23分钟。开车前10分钟开始检票，开车前3分钟停止检票。

连云港城市动车按一票制3元/人次，城市动车开通初期实行免费乘车，2021年1月1日起收费运营。

连云港城市动车运营管理模式以购买服务的形式，委托上海铁路局集团公司运营。列车办理站采用独立自动售检票系统，购票方式采用现金购票、自助售票机购票、刷市民卡、扫码支付四种方式。闸机支持连云港市民卡、老龄卡、老年优惠卡、学生卡、爱心卡、优抚卡、江苏交通一卡通（连云港本地）、城市动车专用月票卡，暂不支持智汇卡、江苏交通一卡通（外市）。

单程票：单程票单次乘坐进闸机生效，到达目的地站后出闸机后回收。

连云港市民卡：刷卡乘坐连云港市内公交车、BRT乘坐连云港市辖区内公交享受8折优惠，面向所有市民发售，分为记名卡和不记名卡两类。

纸质车票：城市动车试乘券按照定员提前印制明确日期、时间、车次的车票，面向公众免费发放。市民可自行前往申领各领票点，运营初期至2020年1月11日，凭免费票乘车。2020年1月11日，正式取消试乘体验券，旅客进站即可免费乘车。

月票卡：需长期通勤的旅客请携带身份证及一寸照片至市民卡各网点办理城市动车月票卡。

截至2019年12月，连云港城市动车选用3列CRH6F-A型4编组动车组列车，列车具有速度快、载客量大、节能环保、快速乘降、快速启停等特点；采用美猴王孙大圣京剧脸谱设计涂装，车身绘制了祥云图案。2动2拖4编组，最大载客量可达860人。同时，车辆节能环保优势显著，人均百公里能耗少于1度电。车厢内部为2+2软包座椅，海蓝色凸显了地区特色，立杆、扶手简洁明快。

2020年5月19日下午，连云港市交通局（铁路办）牵头召开利用陇海铁路连云港至东海县段开行城市动车可研报告成果汇报会。陇海铁路连云港至东海县段开行城市动车项目，是连云港市域铁路S1线的重要组成部分，也是连云港城市动车二期工程。该项目连云港至东海县段运营里程37.58千米，沿线设连云港站、包庄站、白塔埠站、东海站等4个车站，由中铁五院负责研究设计，主要工程内容为包庄站、白塔埠站、东海站改造以及其他相关配套设施。

连云港城市动车实现了连云港东部城区、自贸区、火车站无缝对接，连云港城市动车也成为自贸区内的一条交通主廊道，对构建连云港完善的公共交通网络有重要意义。连云港城市动车正式开通运营后，施行免费乘车政策，受到广大市民欢迎。（中国江苏网 评）