通化公交49路开通于2009年，当时为 江南新区——玉皇佳园，2010年与48路对调路号，即通化广场——通化经开区，2013年将终点站更名为 江北开发区，2015年将终点站更名为 高新区，2018年开通49路[全程]，并把原49路更为49路[区间]，是高新区居民出行的重要线路。

2023年9月26日起，为方便通化市医药高新区企业职工出行，49路增加1台车，调整发车时间，原3个班次增加到19个班次，同时合并49路区间与49路全程，终点站高新区更名医药开发区，安排两趟车通勤监狱，另一面由龙兴里延伸至中盛山水城，调整后的始发与终到为医药开发区-中盛山水城。后因医药开发区不能长时间停车，内环终点调整至林投站点。

医药开发区→中盛山水城