造血干细胞龛至少包括3个解剖区域（骨内膜、血窦壁和固有造血组织）和多种细胞类型（成骨细胞、血窦内皮细胞、脂肪细胞、基质细胞和免疫细胞等）。成骨细胞存在于骨内膜的表面。成骨细胞分泌的细胞因子可以对造血干细胞起正性调节作用，也可以起负性调节作用，其中起正性调节作用的包括：血管生成素-1、促血小板生成素和Jagged-1蛋白；起负性调节作用的包括：骨桥蛋白和dikkopf1（DKK1）蛋白。成骨细胞也大量表达趋化因子CXCL12，参与造血干细胞趋化、归巢和存活 。血窦是造血发生的场所。血窦腔超过60%的表面积覆盖血管内皮细胞和外膜网状细胞。在造血干细胞分化过程中，血管内皮细胞起着屏障作用，防止血液细胞未分化成熟就进入血液循环。血液细胞分化成熟后，通过血管内皮细胞进入血流。外膜网状细胞是重要的基质细胞，它是骨髓脂肪细胞的前体细胞。外膜网状细胞能与骨原细胞（骨骼干细胞和骨髓间充质干细胞）同时发挥作用，生成成骨细胞和脂肪细胞，组建骨髓血窦网络。近年的研究发现多种免疫细胞也参与造血干细胞微环境调控。