2000年9月—2010年9月，任中国地质大学（北京）党委常委、副校长兼研究生院院长（其间：2003年，入选教育部跨世纪人才）。

2010年9月—2011年9月，任中国地质大学（北京）党委常委、校长兼研究生院院长。

2011年9月—2019年3月，任中国地质大学（北京）党委常委、校长。

2021年11月18日，当选中国科学院院士。

2022年11月25日，受聘为山东黄金集团地质研究院名誉院长。

邓军发现胶东金矿产于古陆边缘与复杂造山带叠加域，揭示巨量金主体来源于再循环的基底地壳，证实拆沉作用诱发深源流体交代富集地幔、幔源热流上涌是成矿深部动力机制，查明拆离断层系剪压-剪张递进变形触发流体相分离和围岩硫化反应导致金连续成矿，提出“胶东型”金矿床新类型及成矿模式；针对中国大陆多期构造演化与复合成矿的系统研究，发现复合造山是复合成矿作用的驱动机制，揭示构造转换带复合于岛弧带或裂谷带之上诱发成矿元素多幕式富集是复合成矿系统发育的重要机理，创新性提出“复合成矿系统”理论；运用提出的“胶东型”金矿成矿理论和“复合成矿系统”理论，创新预测理论与勘查模型，圈定成矿区带和找矿靶区，指导找矿取得重大突破。

根据2023年3月中国地质大学（北京）官网显示，邓军以第一作者出版专著4部，主编国际期刊专辑3部；以第一/通讯作者发表SCI论文115篇。

根据2023年3月中国地质大学（北京）官网显示，邓军获国家科技进步二等奖4项（排名第一、二、二、七），排名第一的省部级一等奖3项（排名第一）。

邓军认为，改革开放和社会主义现代化建设、促进人的全面发展和社会全面进步对教育和学习提出了新的更高的要求。要提高人才培养能力和水平，重视本科教育；要认识到建设一流本科教育事关竞争力的提升；要改革创新，探索大学特色的一流本科教育方案；要坚持立德树人，把本科教育放在人才培养的核心地位，遵循教育规律和人才成长规律，推进本科教育教学改革，创新人才培养模式，构建高水平的、有特色的人才培养体系，提升人才培养质量和办学水平。

邓军院士为中国矿床学研究倾注大量的心血，在复合成矿系统理论、金矿成因和勘查预测等方面作出了突出贡献，当选院士是学界所向、众望所归。（常宁市委、市政府评）

邓军政治素质好，大局意识强，熟悉高等教育规律，为人正派，团结同志，关爱师生，对自己要求严格，得到了广大干部师生的信任与尊重。（时任教育部人事司司长张东刚评）

学校一系列成绩的取得，凝聚着邓军的辛勤努力和不懈付出。（北京市委教育工委常务副书记郑吉春评）

邓军在地大校领导的岗位上工作了多年，与历届学校领导班子一起为学校的改革、发展、稳定尽心尽力、尽职尽责，在学校发展方向、学科建设、大学治理等方面开展了卓有成效的理论探索和实践创新，为学校的改革、发展、稳定倾注了大量的心血和智慧。他严于律己，勤勉敬业，敢于担当，关心广大干部和师生员工，赢得了广大师生的尊敬和信赖。（时任中国地质大学（北京）党委书记马俊杰评）

邓军有着一往无前的探索精神、严谨认真的科学态度和一丝不苟的工作作风。（中国地质大学（北京）评）