岩手县人，幕末学于庆应义塾，维新后历任千叶县师范学校校长，东京女子师范校长，元老院书记官，帝室制度调查官，东京高等师范学校教授，讲授汉文及东洋史学科。1890年那珂通世写成《支那通史》，师承福泽喻吉，以欧洲文明中心框架重新分析中国,证明中国2000年的历史是停滞的历史，从文化、军事、政治三个方面对中国历史作了一个片面而阴暗的阐述，在当时的日本社会产生很大的负面影响，使得中国几千年的文化形象在日本人心目中一落千丈，而这种理由也给了清末中国人提供了一个革命的理由。

1901年获得文学博士学位，1906年被派到中国研究东方史，曾翻译蒙古文《元朝秘史》。其他有“元世译文补正”、“崔东壁遗书”、“东洋历史地图”、“元代疆域图”、以及“日韩古代交通史稿”、“近世朝鲜政鉴”等。他是天皇主义者，但更注重史证，他在搜集资料后，认为神武天皇前后的神话记载不足，《日本书记》所载的神武元年（纪元前660年），大约延长史实600年以上，战前帝国大学国史系对那珂通世的这段考证，只准学生知道，不许学生毕业后教中学时讲这段历史。