此后，邱行湘作为战犯被关押改造。1959年12月，被最高人民法院作为已经改造好的战犯首批特放。获释后，邱行湘先后担任江苏省政协文史资料研究委员会专员、江苏省政协委员、南京黄埔同学会理事等职。1996年12月，在南京逝世。

抗日战争打响后，邱行湘在多次战斗中屡立战功，四平战役结束后邱行湘随国民党十八军三十七师由皖南向苏南挺进，在溧阳、宜兴、金坛、武进四县一带与日军第五师团展开激烈交战，以正规战与游击战歼灭日军近万余人。1937年冬，邱行湘部队随六十七师在上海罗店与日军浴血奋战三个月，特别是在宜兴神山的战斗大伤日军元气，部队配合海陆两军炮兵主力截断长江交通，有力地支援了武汉大会战。1939年春邱行湘率六十七师二〇一旅四〇二团途经宁国、广德进至宜兴，此时日军已在神山布置三道防线，阻止邱行湘部队前进。4月20日拂晓，四〇二团奉命进攻日军第一道防线，盘踞在神山的日军利用坚固工事进行顽强抵抗。神山地形易守难攻，四〇二团伤亡颇多，战至上午10时邱行湘才拿下日军两个小山头。中午12时四〇二团的两个营开始对神山阵地包围进攻，与日军展开肉搏战，一营三连连长李克勤在战斗中脸部被日军炮弹击穿，仍不肯下火线，带伤进入敌军阵地奋力拼杀。日军见势动摇，纷纷窜逃溧阳戴埠，五十余人被邱行湘部队当场击毙。

1939年5月30日，邱行湘奉命炮击武进沈家桥、成章镇、湟里镇一带日军。徐克夫深夜率五名侦察兵在武进西门外电影院，趁放映时在黑暗中活捉击毙数十名日军，俘虏中尉军官一名（系日本皇族）。6月初日军十三师团在常州聚集万人大举报复，以两个师团兵力配合敌机数十架及炮兵与邱行湘右路军激战于滆湖、西氿之间。溧阳地区的五十二师和六十七师的三九七团、三九八团，与东线的三〇一旅、三十三旅同心协力，奋勇苦战，于6月15日将来犯之敌全部击退。邱行湘部队顺利到达戴埠山丫桥，他拜望了黄埔同学尚望，此时冷欣的第二挺进纵队司令部和俞柏的忠义救国军指挥部同驻山丫桥西南的下宋村，这里的地理环境如同天然的作战防空洞。邱行湘奉右翼指挥官莫与硕之命，率四〇二团星夜赶到南渡向天王寺一带进攻。黑夜中伸手不见五指，天空又下着倾盆大雨，部队夜行七十余里。山丫桥、南渡的爱国民众、志愿组织向导队和运输队为邱行湘部带路、运粮，特别是南渡的父老兄弟为邱行湘部队运送枪炮，汗如雨下，衣衫尽湿。

家乡民众如此高昂的抗日情绪更激发了邱行湘的爱国热诚，他发誓：宁可战死沙场，绝不当亡国奴。在江南的战场上他拼命与日军厮杀，手挥大刀勇似猛虎，力如蛟龙，尽管遍体鳞伤仍冲锋在前，为抗战的胜利立下了汗马功劳，真不愧邱老虎的绰号。邱行湘在抗日战争中取得的功绩也离不开武进师范爱国师生的大力支持。校长肖石光领导爱国师生罗慕洛、胡秀、陈懿（邱行湘的前妻，1931年在南京与邱结婚，未生育，1947年患脑癌病故于北京中和医院，葬在八宝山公墓）、潘汝贤、周岐等人常为邱行湘部队提供有价值的军事情报，为抗战作出了自己的贡献。

解放战争中邱行湘大伤元气，作为洛阳战地上的头号俘虏，他被送进功德林战犯管理所。功德林原先是北京德胜门外一所庙宇，清朝末年改建为一座监狱。民国四年，北洋军阀段祺瑞执政司法总长后，由罗文干完成了这座监狱的全部改建，成为著名的第二模范监狱。中华人民共和国成立后，功德林直属国家公安部管辖，改为北京战犯管理所。国民党二〇六师师长邱行湘即以战犯身份来到这里接受政治思想和劳动改造。

功德林一百多名高级战犯共分十三个小组，邱行湘任第一组组长，组员有杜聿明、宋希濂、康泽、王陵基、范汉杰、廖耀湘、陈林达等人。邱行湘在劳动改造中表现突出，他把洛阳战地上未用完的力气全用在农场的菜地上，挑粪种菜，挖沟锄地，连烧饭、补衣也样样皆能。在轰轰烈烈的抗美援朝运动中，国内进步青年纷纷报名参军，邱行湘作为战犯虽不能亲赴朝鲜作战，但仍积极响应政府号召为抗美援朝出力流汗。朝鲜前线与中国后方交通经常中断，志愿军吃粮难以供给，功德林战犯们便在功德林球场上筑起锅台，由管理处挑选十多名身强力壮的战犯进行劳作。邱行湘是稍有名气的大力士，他从大卡车上扛下两百多斤的麻袋，穿行在人群中；把小麦放在锅里炒，挥动着大铁锹在锅台旁忙前忙后，汗如雨注。

1959年12月4日是邱行湘一生中难忘的日子。中华人民共和国主席刘少奇发布最高法院首批特赦令，邱行湘、杜聿明、王耀武、陈长捷、杨伯涛、宋希濂、郑庭笈、周振强等11名国民党高级战犯通过十年改造期满释放，邱行湘就此获得了中华人民共和国公民权。他从周恩来手中接过特赦证，激动得热泪盈眶。总理热情地和邱行湘握手，要他们牢记四个观点：一是爱国主义观点，二是阶级观点，三是劳动观点，四是群众观点。邱行湘牢记总理的话，把这四个观点抄在日记本上作为重新做人的一面镜子。邱行湘获得自由后，从功德林出来便直奔清华大学，黄维的女儿黄敏南在该校任物理教师，她见了邱行湘仍尊称他为邱伯伯。黄敏南知道自己的父亲在改造中坚持反动立场，皱着眉头说：“家父太顽固了，没有办法，唯一可行的只能彻底孤立他。”

邱行湘从清华大学回来重返功德林，管理处孙科长和姚处长为他送行，设宴作最后一次招待，席间有同乡蒋铁荣在场作陪。桌上虽然没有什么高档佳肴，但堪比河北山区的山珍、山东滨海的海味，邱行湘吃得津津有味。北京火车站钟楼上的时针正指向下午2时，阳光十分耀眼，邱行湘手腕上的金表也闪闪发光，它在共产党的监狱里躺了近十年，终于开始运转了。

邱行湘与徐悲鸿是好朋友，又是江苏同乡。徐悲鸿任中央美术学院院长时曾送给邱行湘一幅画，画有两匹骏马，一马仰脖长啸，一马扭头狂奔。

抗日战争时期，徐悲鸿因拒绝为蒋介石画像而遭多方排挤，流亡桂林。当时他有一批珍贵的画要转移到后方，无奈日军封锁严密，到处搜查。徐悲鸿通过邱行槎（邱行湘五弟，徐悲鸿学生）帮忙，找到时任四〇二团团长的邱行湘，邱行湘不好推辞，只好冒着风险动用军车为徐悲鸿运送这批名画，抗战结束后这些画寄存在无锡著名画家黄养辉家中，事后徐悲鸿十分感激。上世纪60年代邱行湘定居南京汉府街51号，客厅中央悬挂的画大都是徐悲鸿赠送的。徐以画马著世，出于对马的深爱与研究，经常到有马的地方写生。战火纷飞的年代，徐悲鸿冒着生命危险经常往返于邱行湘军营，观赏部队马圈里饲养的军马，而邱行湘也精选膘肥体壮的马匹供其作画马的素材。

邱行湘获中华人民共和国公民权后本可留在北京工作，但他家里有八旬老母，为弥补自己在战争年代不能尽孝的遗憾，邱行湘作出了回南京的决定，渴望能立即见到阔别多年的老母。农历年终的前两天，邱行湘到达南京后，在江苏省民政厅安排下开始了他的返乡之旅。经过四个多小时的行驶，他终于回到阔别十五年之久的家乡——溧阳。县长蒋万象亲自接待，他在溧阳住了一夜，第二天清早就来到南渡镇，走过石拱桥大步直奔家门。

85岁高龄的邱母黄氏盼子多年，双目已近失明，邱行湘扑到母亲怀里高声呼唤：“娘、娘，我是老四行湘（邱行湘兄弟六人,排行老四）。”老人用颤抖的双手抚摸着儿子的头发和面额，激动得老泪纵横，放声大哭：“行湘，真的是你吗？”邱行湘归来的消息很快传遍南渡和邱家桥一带大小村庄，前来看望的男女老少不计其数。

除夕之夜，邱行湘为表达对乡亲们的谢意，挥毫泼墨为村民们写了几十副对联。乡亲们回忆起1940年，溧阳遭受历史上罕见的旱灾，几乎半年没有下雨，农村十塘九干，连大河都干裂了，庄稼颗粒无收，南渡和邱家桥很多农民背井离乡逃荒到湖北恩施找到邱行湘。他闻知家乡遭灾，热情安排乡亲们食宿、做工，返时每人还发给三块大洋，令乡亲们至今仍念念不忘。

邱行湘非常关心溧阳的经济发展，多次来溧考察调研，呼吁黄埔同学、港台同胞来家乡投资、办厂，并对沙河水库的地理优势和独特的风景提出发展规划。邱行湘还三次去溧阳，与原孙中山大本营秘书狄侃老先生共书东吴大学回忆录。1966年9月，邱行湘得知身居印尼的表兄黄和钧受国家主席刘少奇邀请从雅加达飞往杭州，一则回国观光，参加首都国庆典礼，二则看望他失散二十多年的妹妹黄玉梅。邱行湘任四〇二团团长时她随大舅黄希州（原江苏省林务局长）在镇江女子中学读书，邱行湘送一支袖珍手枪给她防身。1925年3月12日中山先生不幸逝世，黄玉梅作为学生代表参加了中山先生的葬礼。邱行湘深知黄和钧兄妹这次会晤的重要，担心表妹会吐露出国家困难时期各种政治风云的碰撞，使黄和钧误解共产党的政策。为了让黄和钧这次回国留下好印象，邱行湘提前从南京赶往溧阳。

9月一个晴朗的夜晚，大约12点多钟，大家经过一天紧张的劳作大都进入梦乡。外甥在熟睡中被唤醒，坐起后一听这不是南京舅舅的声音吗？外甥急忙开门，只见他和一位五十多岁破衣打扮的农夫站在门口，原来他从前马宋巷侄女家花两元钱雇了这位向导为他带路。后来外甥和母亲谈起此事，她说：“你舅舅是军人，经常神出鬼没夜间行军，没有什么好稀奇的。”邱行湘在妹妹住了两天，耐心细致地做妹妹工作，叮嘱说过去有些生活上和政策上受冲击的事情不要再提，尽量给表兄这次回国留个好印象。邱行湘做了两天的思想工作，妹妹终于想通了：小哥是世界医学界的泰斗人物，他为印尼苏加诺总统开刀治好了病，又是国际难民医院主任医师，在德国、奥地利取得医学、药物化学博士学位，此次回国主要和周总理、陈毅外长谈回国定居一事。

邱行湘为做好统战工作不辞劳苦，他和外甥两个人步行二十多里从练庄村走到庆丰、南渡，一路上嘱咐外甥遇上熟人不要说他是邱行湘。他到溧阳县委与史祖同县长商谈如何认真做好黄和钧返乡的接待工作，使其感受到共产党领导下新中国对归侨的热情，早日回到祖国为医学事业作贡献。黄和钧在南京期间，邱行湘与省委领导、统战部负责人以及省侨务处一位处长陪同他参观了鼓楼医院，最终促成其回国定居，被安排在中国科学院医学研究所工作。

为实现祖国的早日统一，邱行湘常在江苏电台对台宣传党的政策，在香港《大公报》上发表文章，把自己和张玉珍结婚的巨幅照片也刊登在台、港各大报纸上，让台港人士能看到中共对国民党军政人员改造政策的伟大。上世纪60年代外甥在邱行湘家中做客，正巧碰上他宴请部下和同乡，在场的有国民党二〇六师政工处长赖钟声（此人从功德林释放后在北京二十九中任物理教师）、三一八师少将师长赖畅安、七十师师长陈颐鼎，还有一位瘦小的老头，事后才知道是公安厅厅长。

邱行湘所住汉府街51号公寓是清朝末年法国人建造的二层木结构小洋房，室内除徐悲鸿送的几幅画和邓颖超赠送的一块木匾外并无贵重陈列，一张铁床、一张办公桌都是他结婚时黄埔同学送的。邱行湘的太太张玉珍不仅人长得十分漂亮，还做得一手好菜，她做的红烧牛肉和糖醋带鱼得到过末代皇帝溥仪和他日本妻子的夸奖。认识的人常说邱行湘有吕布之勇，张玉珍胜貂蝉之美，他俩经国民党七十四军军长邱维达介绍在南京喜结良缘。婚后年过半百的邱行湘老来得子，视为掌上明珠。邱行湘平时对晚辈教育很严，平时吃饭谁不小心掉了饭粒在桌台上，都会受到他的批评教育，讲农民种一粒粮食得出多少力、流多少汗，说完还把饭粒拾起来吃掉，因为他出生农户家庭，从小慈母教育他懂得粒粒皆辛苦的道理。宴席间赖钟声突然便讲起往事：“师长，当年洛阳一战，蒋介石派去的专机盘旋在洛阳上空无法降落，要不是陈赓的炮兵击落，说不定你如今还在台湾呢！”邱行湘丝毫不后悔当年未去台湾接任第五师师长之职，完全满足于现实生活，对于共产党敬佩得五体投地，在劳动、思想改造方面都表现得很突出，为此曾与上海的陈长捷一起在全国人大常委会上受到周恩来的表彰。