元朝泰定四年(1327)到中国学习禅法。先在福州，后到天台山、天目山、五台山遍访名僧，元天历二年（1329年）到嵩山少林，长住二祖庵达二十一年。居住持息庵门下尤久，先任少林寺书记之职，后又任首座，与息庵等铸大铁钟一座。邵元精通禅学，汉语造诣颇深，在其任首座时，应邀为少林寺前住持照公撰并书写塔铭息庵圆寂后，应邀为息庵禅师撰写《息庵禅师道行碑》，并为菊庵法照塔撰文作书。传，邵元曾从息庵学习少林功夫。他还曾作为全国百名高僧之一到京师宫里参予大藏经的翻译。邵元于元至正七年（1347年）返回日本。他在中国长达21年时间，在中日文化交流史上写下了浓重的一笔。