1952年任北京大学历史系教授、中国近代史教研室主任，兼中国科学院第三历史研究所（即今中国社会科学院近代史研究所）研究员，1952～1958年任该所史料编辑室主任。

1956年邵循正与翁独健、韩儒林作为中华人民共和国蒙古史专家代表赴莫斯科，拟定由蒙、中、苏三国历史学家合作编写《蒙古通史》的研究计划，促进了国际学术文化交流。

邵循正在蒙古史研究方面有突出成就。他熟谙英语、法语，懂德语，稍通意大利语、俄语，学过古波斯文、蒙古文，略知突厥文、女真文、满文，能直接把蒙文资料（《元朝秘史》）、波斯文资料（拉施都丁《史集》）、汉文资料（《元史》）和法、德、英等西欧诸国学者的研究成果糅合参证，互纠讹误，旁征博引，融会贯通，作了很多史实订正的工作。

邵循正在中国近代史方面有很深的造诣。1949年以后，他利用其对中外关系的深刻了解，开拓对中国国内政治，特别是中国资产阶级问题的研究。他着重研究洋务派主要人物李鸿章、张之洞、盛宣怀；研究洋务派所办民用企业的性质和道路；研究出身于洋务派以后发展各异的郑观应、唐廷枢、徐润等。写了很有价值的研究论文，为这一问题的研究作出贡献。

主要著作除《中法越南关系始末》外，与翦伯赞、胡华合著有《中国历史概要》，与陈庆华合著有《中国史纲要》第四册，学术论文已编入《邵循正历史论文集》。

邵循正还主持编辑了《中法战争》、《中日战争》两套中国近代史资料丛刊，《盛宣怀未刊信稿》等。“文化大革命”期间他身体倍受摧残，仍抱病主持点校《元史》，在劳悴中于1972年4月27日逝世。

1958年，北京市副市长、古籍小组成员吴晗倡议为青少年编写一套历史小丛书，作为课外通俗读物，以期向社会大众传播历史知识、进行爱国主义和历史唯物主义教育。吴晗邀请古籍整理出版规划小组办公室主任、中华书局总经理兼总编辑金灿然、中华书局副总编辑李侃、北京教师进修学院院长陈哲文、教育局副局长胡朝芝等人一起商讨编写出版的相关事宜，并确定由吴晗担任主编，邵循正与尹达、金灿然、等24位专家组成“中国历史小丛书”编委会，中华书局承担印刷出版工作。

邵循正与吴晗是清华大学期间的同学，毕业后二人在西南联大期间共事，是私交甚笃的老朋友，此番为编写“中国历史小丛书”，二人又有了工作上的交集，自然合作十分默契。

当时计划将“中国历史小丛书”编选出版200—300种，规模庞大，涉及选题领域十分广泛，初步分了几大类：史前文化和重要历史事件、经济文化生活专题史话、重要作家和重要作品、历史人物等。为提高小丛书编写、出版的速度，编委会的专家基本都参与到撰著工作中，吴晗亲自承担了《海瑞的故事》的编写工作，而邵循正则承担了《袁世凯》《晏婴的故事》的写作任务（笔名秋楠）。此外，还有贾兰坡《中国猿人》、翁独健《成吉思汗》、侯仁之《徐霞客》、潘絜兹《绘画史话》、何兹全《祖逖北伐》、戴逸《北洋海军》等，开创了大家写小书的先河。“中国历史小丛书”的每本小册子虽然字数只在两三万左右，但要在这样较短的篇幅内，完整地介绍一个人、一件事，语言还要通俗易懂，对每一位作者来说，都不是一件容易的事。

邵循正作为编委会一员，还以参加会议、座谈等形式，参与到“中国历史小丛书”的选题内容、编纂主旨、具体要求等方面的确定，提出：“要求书的内容立场、观点正确，史事叙述的革命性和科学性的统一，文字通俗、生动流利。都附以必要的插图，要求做到图文并茂，读者爱读。”

在诸多专家学者、中学教师及中华书局的共同努力下，1962年10月，“中国历史小丛书”出版一百种，中华书局专门在人民大会堂召开了丛书编委扩大会议暨庆祝大会。主编吴晗在会上说，编辑出版这套通俗历史读物，“一方面是为广大青少年普及历史知识，一方面通过历史人物和历史事件，进行爱国主义和历史唯物主义教育。”《人民日报》《光明日报》等媒体都作了系列报道。

邵循正与吴晗虽然是多年的老朋友，但在吴晗担任重要的领导岗位后，自己也与吴晗保持距离。而在吴晗因“海瑞罢官”一事遭到批判后，邵循正反倒顶着压力三次去看望吴晗。这也能见出邵循正一身正气、为人仗义。

在20世纪60年代初，曾掀起一轮关于成吉思汗的学术讨论热潮，《历史研究》《文史》等国内重要学术期刊连续刊载多位专家学者的文章，如1962年第1期《内蒙古大学学报》刊载了周清澍的《成吉思汗生年考》和亦邻真的《成吉思汗与蒙古民族共同体的形成》，1962年《历史研究》第2、3、4期连续刊载了邵循正的《成吉思汗生年问题》、韩儒林的《论成吉思汗》、周良霄的《关于成吉思汗》、商鼎的《马依斯基院士论成吉思汗》等文章，1962年第8期《江汉学报》刊载了刘孝瑜的《成吉思汗与蒙古各部的统一》，1962年第12期《历史教学》刊载了杨志玖的《关于成吉思汗的历史地位》，1962年第10期《文物》刊载了东堂的《成吉思汗画像跋》，1964年第4期《新时代》刊载了白宝瑾的《成吉思汗的心理作战》，1964年第11期《新时代》刊载了白宝瑾的《成吉思汗对人力智力的运用》，1969年第9期《新时代》刊载了李则芬的《耶律楚才与成吉思汗》等。

其中邵循正的《成吉思汗生年问题》一文，观点明确，征引广博，论证严谨，且成文较早，对明确成吉思汗的生年起到较为重要的作用。邵循正在文中开篇即明确提出：“关于成吉思汗的生年，中外学者有不同的意见，我以为应以《元史》所记为准。”为阐明自己的观点，邵循正旁征博引，所引用、参考的我国古代典籍有《辍耕录》《亲征录》《蒙鞑备录》《宋季三朝政要》《元史》《蒙兀儿史记》《元史译文证补》《新元史》等，蒙古民族三大历史著作《蒙古源流》《蒙古黄金史》《元朝秘史》更是在邵循正的视野范围内。此外，《多桑蒙古史》（法文）《集史》《世界征服者史》《史选》《伊斯兰百科全书》《大正新修大藏经》等，也为邵循正参考、论证、引用。最为难能可贵的是，邵循正在文中还以详实的资料作为佐证，对他留学欧洲时的导师伯希认为成吉思汗生年为“成吉思汗生于1167年”的观点进行了有力反驳。

在邵循正等多位专家学者的充分论证下，成吉思汗生年不是1155年，也不是1167年，而是壬午年（1162），也即1962年是成吉思汗800周年诞辰。1962年6月22日到29日，内蒙古自治区历史学会在呼和浩特举行了纪念成吉思汗诞生800周年蒙古史科学讨论会。邵循正与金灿然、翁独健等二十余位从北京、天津、山东、武汉、陕西、青海、吉林等地赶过去的历史学家和青年历史工作者，与内蒙古自治区蒙古族、汉族、回族、满族史学工作者共同参加了会议。在这次学术会议上，曾就蒙古史研究、出版工作问题专门进行了一次座谈，会上邵循正提出重新整理《元朝秘史》并译成汉文的计划（上世纪三四十年代，邵循正曾完成这项工作，惜译稿在战乱中遗失），得到中华书局总经理金灿然的支持，邵循正还提出由内蒙古大学的周清澍担任他的助手。这项工作如果完成，将极大推动我国的蒙元史研究，但因为历史原因，邵循正去世前《元朝秘史》的整理、汉译工作没有开展下去。直到2012年，在周清澍的学生乌兰主持下，完成了《元朝秘史》汉译本的校勘工作，并在中华书局出版，这是对邵循正、金灿然的最好纪念。从邵循正到周清澍，再到乌兰，也能看出我国元史研究的学术传承。

邵循正担任古籍小组历史分组成员时，我国第一个古籍整理出版规划也制订并实施，其中整理点校“二十四史”即纳入其中。众所周知，“二十四史”是中国古代各朝撰写的二十四部史书的总称，1958年由中华书局组织专家开始整理点校，至1978年历时二十年完成全部整理出版工作。中华书局出版的这套“二十四史”整理点校本，成为代表中华人民共和国古籍整理出版事业最高成就的标志性成果,享有“国史”标准本的美誉。

邵循正作为蒙元史专家，1967年6月被调到中华书局参加整理《元史》，据何茲全《爱国一书生 前四十年自述》（中华书局，2006年，第2976页）记载：“这时已在中华参加标点廿四史的和陆续来报到的有：唐长孺、姚薇元、陈仲安、高亨、邓广铭、邵循正、许大龄、张政烺、陈乐素和我等人。”但很快，不到五个月，也即11月邵循正又被北京大学召回，理由是需要交代问题。1971年，经周恩来指示，二十四史点校工作重启。邵循正再次接到中华书局的邀约，参加《元史》的标点整理，其时邵循正因哮喘加重在小汤山疗养院疗养，接到整理《元史》任务后，他在小汤山疗养院边疗养边做《元史》的整理点校工作。1973年4月，邵循正的学生周良宵、林沉（亦邻真）和周清澍从呼和浩特到北京参与《元史》出版前的定稿工作，他们三人专程到疗养院探望邵循正，汇报了《元史》的整理进度。邵循正深知《元史》定稿前面临着所有标点、校勘等问题要全部解决，当即决定出院并参加到《元史》的收尾工作中去。邵循正当时与夫人住在燕东园，附近的北大制药厂排放的有害气体，对哮喘病人会有较强的刺激，不适宜居住，同时为了避免每日路途奔波，更好地参加整理《元史》的工作，邵循正决定住到中华书局提供的位于翠微路的宿舍，当时与他同住一屋的是他的学生周良宵。然而，就在《元史》的整理点校工作进程中，1973年4月中旬，邵循正的哮喘再次发作，且非常凶险，辗转协和医院、北大医院、北医三院三家医院，4月27日终不治。可以说邵循正倒在了整理《元史》的工作岗位上。1976年，《元史》由翁独健主持定稿、正式出版，出版说明中特别说明：“邵循正同志也参加过列传部分的点校。”短短一句话，是对邵循正最好的纪念。

邵循正担任古籍小组历史分组成员期间，在中华书局出版的古籍图书有：《夷氛闻记》（点校，1959年），《盛宣怀未刊信稿》（署名：北京大学历史系中国近现代史教研室编，1960年。邵循正、陈庆华、张寄谦整理），《义和团运动史料丛编》（署名：北京大学历史系中国近现代史教研室编，1964年。杨济安、陈庆华、邵循正参加编辑、校阅）。

除了参与古籍整理出版工作，邵循正还曾负责我国高校近代史教学大纲的制订。1955年，高教部委托北京大学历史系拟定全国综合大学历史系中国近代史教学大纲，邵循正负责此项工作，从拟稿到邀请专家讨论修改，事无巨细不一而足。1956年高教部召开综合大学文史教学大纲审定会，中国近代史组讨论会由邵循正主持。会上通过的教学大纲成为此后高校讲授基础课和编写教材的依据。1956年对《中国近代史教学大纲》进行了研讨修改。邵循正还参与了高校教材《中国史纲要》（翦伯赞主编）中近代史部分的编写工作。据何兹全在《爱国一书生 前四十年自述》一书中记载：“1961年4月10日，中宣部、教育部召开高等学校文科教材计划会议。……我和北大历史系邵循正教授同屋。邵公好喝咖啡，每天都要找人一块喝咖啡。邵公精力过人，可以几夜不睡觉，一直工作。”《中国史纲要》1964年由人民出版社出版，此后被全国多所高校采用，并多次再版。

邵循正是全国政治协商会议第三、第四届全国委员会委员，并担任全国政协文史资料委员会委员。