经过多方面的艰苦工作，决定以各镇团防为基本力量，正式成立了“川南农民革命军”，开展一场武装抗捐斗争。抗捐斗争很快得到响应，不到十天，48个场镇的团防和民团武装全部集中到了抗捐前线檬刺岩，参加“川南农民革命军”，共有武装人员和枪支800多，前来支援群众上千人。

1927年重庆“三三一”惨案后，白色恐怖笼罩宜宾，中共党组织遭到严重破坏。当时，郑佑之任中共宜宾县委书记为了保存力量，他把县委机关迁到了大塔农村。为了组织一次更大规模的农民暴动，他利用团防头目之间的矛盾，杀掉了大塔团正睢少林和徐场团正赵启文。后因盲动主义思想影响，在准备还不充分的情况下，便开始了大规模的行动，致使暴动失败。

1928年2月，郑佑之被选为中共四川省委委员兼川南特委委员，领导自流井盐场和富顺炭厂的工人运动，同时组织荣县、威远农民暴动。

1929年9月，他调往川东，任中共合川县委书记，领导了马房街贫民抵抗驻军陈书农师强拆民房的斗争，取得了胜利。又在旧历年底组织贫民列队游行，迫使县府当局向贫民发放了粮食。

1930年10月，调任中共江巴中心县委书记。次年3月任中共川东特委秘书长时，他针对当时重庆的叛徒、特务活动的情况，根据党的指示，派余宏文打进二十一军“特委会”，使敌人内部的各种行动，以至军事秘密，都及时地传递出来。他还大胆地做争取瓦解叛徒的工作，使中共党组织减少了危险。

1931年郑佑之即将调离重庆之际被捕，被关进了巴县大狱。每次提审，郑佑之都口舌如枪地痛斥敌人。多次交锋之后，敌人再不抱什么希望了。1931年12月30日，郑佑之被杀害，时年40岁。

1921年，郑佑之通过大量工作，在宜宾北路的柳家乡创办了一所高初完全小学校，前去就读的学生十分踊跃。他亲自督学执教，深得学生的拥护和爱戴。这期间，他博览群书，特别是新出版的反映社会现实的政治性刊物。他要在知识海洋里寻找革命真理。这年的秋天，他从朋友处弄到了《共产党宣言》和《新青年》、《劳动者》等刊物。这些书本和刊物骤然敞开了他的心扉，教学内容也更加丰富起来，爱国和救国的思想也逐渐使学生受到启迪。他还利用暑假和寒假去自贡、成都，结识了当时已是社会主义青年团员的张兴钰、何秘辉、刘单如等进步青年。他们志趣相投，对中国人民的苦痛，中国社会的腐败，以及中国的前途看法十分一致。后来，他们在频繁的接触和信件交往中，思想境界不断得到升华，对共产主义的知识不断丰富，认识也更加深刻。这时，郑佑之又与恽代英取得了联系。他们互相交流思想，研究时政。1922年，恽代英约郑佑之在泸州川南师范学堂会面时，吸收郑加入了中国共产党。

郑佑之是后来成为著名抗日民族英雄的赵一曼的姐夫。从赵一曼的文化启蒙开始，他手把手教她学文化。封建家庭的女孩子是不能出门读书的，郑佑之便想尽一切办法让她在家自学。他供给她教科书、字典、作业本等学习资料，甚至把每天学习的课程表都绐安排好。并且要她按时把做好的作业、写的文章、日记以及不明白的词句也列出来，托人带给他。每次郑佑之都要详详细细进行批改，有时为了解释一个词句，要写满二三页信纸。除此之外，他还暗自掏钱替她在上海的函授学社报了名，让她得到系统的学习和提高。

在提高赵一曼文化程度的同时，郑佑之又开始注重提高她的政治觉悟。他不断将自己阅读的《新春》、《觉悟》、《妇女周刊》、《国民日报》等报刊和一些宣传男女平等、社会改革的小册子寄给赵一曼学习。每本书上都有郑佑之写下的笔记和批语。比如在《两个工人的谈话》这本书的第一页就写道：“请你留心，这本书是鼓吹无政府主义的，但它讲到资本家的剥削，则是对的，你可着重看这些地方。”

在郑佑之的帮助和启迪下，赵一曼的思想在明显地产生着飞跃。不久，她针对封建的哥哥不让她出门读书而逼她缠脚，写了一篇文章，题目叫《被兄嫂剥夺求学权利的我》。郑佑之看后十分惊喜，不但文字流畅，而且论据充分，稍加润色后给了上海的《妇女周刊》和天津的《女星》杂志，分别都刊登了，得到了社会的广泛同情和支持。

1923年郑佑之介绍赵一曼加入了社会主义青年团，帮助她成立了“白花场妇女解放同盟会”和“伯阳嘴团支部”，使她的才华得到了很好的发挥。然而这毕竟还是在狭小的山沟里。郑佑之觉得还应该让赵一曼外出读书，走进更广阔的社会。于是他通过信函到成都、重庆、宜宾联系学校，接着为她筹备路费。赵一曼终于在1925年腊月下旬的一天清晨，避开了哥哥和族人的监视，偷偷逃出了家门，到了宜宾城里，在郑佑之的安排下考进了宜宾女子中学。从此，她便正式投入到革命洪流中。

1924年起郑佑之组织起农协小组，革命的星火开始形成燎原之势。就在这时，郑佑之去荣县检查农协会工作时了解到第二十四军旅长张志芳驻防荣县部队，勾结县知事邓邦植巧立名目向农民摊派巨额军费，强行一年两征，派兵武装强收，拖延者逮捕关押；抗拒者，以“土匪”名义治罪，格杀勿论。农民被逼上了绝境。郑佑之便抓住这个时机，决心组织成立“川南农民革命军”，开展一场武装抗捐斗争。抗捐斗争很快得到响应，不到十天，48个场镇的团防和民团武装全部集中到了抗捐前线檬刺岩，参加“川南农民革命军”，共有武装人员和枪支800多，前来支援群众上千人。

当时的檬刺岩一带，篝火红，鼓角喧，枪炮鸣，刀光闪，农民革命军士气高昂。1926年腊月18日，按照郑佑之的部署，农民革命军下午两点开完誓师大会，即根据指挥部命令，分三路向张志芳军队包围。战斗打得很激烈，革命军在群众的支持和鼓舞下，越战越勇，势不可挡。张志芳几次强令部队反攻，都被击败，最后不得不撤出五宝镇。

1930年初夏的山城重庆，白色恐怖渗透到每个角落，似乌云一般布满天空，让人透不过气来。国民党第二十一军每时每刻都在尽一切办法破坏中共地下组织。当时，敌人采用了一个毒辣的手段，收买了一些党内叛变分子，组织“反共侦缉队”，极大地威胁着党的组织，党内的一批重要领导入穆青、刘愿庵、李鸣珂、邹进贤、牛大鸣等先后遭到杀害，党组织遭到很大破坏。省委机关迅速迁往成都，郑佑之被留下继续坚持斗争。为了有力地打击敌人，保护党组织，郑佑之决定派由他亲自培养人党的学生余宏文直接插人第二十一军内部，余宏文利用妻弟在刘湘军部手枪连当连长的特殊关系，同时又利用一个曾经诱他叛变的叛徒的关系，顺利地转入了“特委会”，后来又经刘湘批准在“特委会”里当秘书，负责文书信件的收发传递。这正如一把尖刀插人敌人心脏，此后党组织对敌人内部的各种行动消息、军事秘密、反共计划和被捕同志监禁地点、在审讯中的表现等了如指掌。尤其是敌人要准备捣毁地下党组织，抓捕革命同志时，消息传得就更可靠和及时，有力地保护了党组织的安全。

这样工作一段时间之后，郑佑之感到仍没有摆脱被动局面，斗争应取进攻态势。他和余宏文研究决定做争取瓦解叛徒的工作。经过调查摸底，对那些表示愿意悔改的叛徒组织起来进行再教育。于是就在“特委会”内成立“良心会”，由郑佑之领导。一方面让他们不再出卖组织出卖同志；另一方面让他们去做被捕的同志出险境的工作。后来中共川东特委负责人文强被捕，郑佑之就通过“良心会”里的周云芳、薛彦夫等人将文强秘密救出监狱，同时还杀掉了那些作恶多端的特务和死不改悔的叛徒，暗中保护了一些党的地下组织以及一大批被捕和将要被捕的同志脱离险地。

近两年的城市地下斗争实践，使郑佑之深刻认识到要夺取革命的成功，光靠城市里的斗争是不行的。他认为城市回旋余地太受限制，常常是经过几个月、半年甚至一年以上建立起来的组织，在某一瞬间就被敌人破坏了。当时正是李立三“左”倾错误的极盛时期，强调党的工作重点是在城市搞工人运动，用集会、飞行讲演、散发传单等方式去发动群众，组织武装暴动，夺取大城市。他对这种斗争路线和方法持反对意见，并大胆提出党的工作重点应转移到农村，去农村建立武装根据地。他的意见不仅没得到支持，反被扣上“保守主义”、“右倾思想”、“农民意识”、“逃跑主义”等罪名。

面对这种情况，郑佑之毫不气馁，他深信总有一天同志会赞同他的认识。他一方面继续坚持做城市工作，一方面开始做起回到农村去的必要的准备工作。他将弟弟从家里汇来的一笔款子，通过关系，从第二十一军军械库里秘密地买到了10支最好的德国快慢机手枪，派人送到了川南某乡村。

刘湘得知他的枪支被共产党弄走的消息后，立即在全城戒严，搜捕共产党人。这时，郑佑之的身份已经暴露，敌人不惜重金四处悬赏缉拿他，组织决定将他调离重庆。全部工作交接完之后，组织上派他去联络站取最后一封信件。他仍和往常一样，十分警惕地在联络站外面观察，没有发现任何可疑迹象之后，便径直向里走去。然而，他的脚刚刚跨入屋内时，一群侦缉队员，突然从里屋扑了出来。郑佑之来不及掏出手枪，就被敌人抓住了。原来联络站的负责人头天被捕叛变，将郑佑之出卖了，郑佑之被关进了巴县大狱。敌人已了解到郑佑之在共产党内有“第二马克思”之称，威望很高，千方百计逼他叛变。郑佑之却始终以铮铮铁汉立于敌人面前。第一次提审他的时候，军法官看他满脸胡子，说他受了马克思主义的欺骗，这样大岁数了还相信马克思主义，他响亮地回答说：“我就是相信马克思主义。”军法官说：“你愿不愿为马克思主义去死。”郑佑之斩钉截铁地说：“当然愿意。”每次提审，郑佑之都口舌如枪地痛斥敌人。多次交锋之后，敌人再不抱什么希望了。

1931年12月30日，郑佑之被敌人押着朝刑场走去。他的脚步还是那样持重、矫健。他的内心是那样平静，好像不是去牺牲，而是继续去执行任务，因为他很早就做好了为革命随时献身的准备。

一声枪响，郑佑之倒下了。时年40岁。

郑佑之烈士墓位于宜宾市叙州区古罗镇佑之小学校外操场。

郑佑之烈士墓建筑占地面积21.34平方米，保护范围面积600平方米，距宜宾县县城90公里。烈士墓坐北向南，由石条砌成长方形，顶为弧形封土，长5.9米，宽3.64米，高0.58～1.58米。墓碑嵌在墓前，石质，高1.26米，宽0.64米，碑顶饰有大红五星图案。

1989年，郑佑之烈士墓被原宜宾县人民政府确定为县级文物保护单位。

郑佑之故居位于宜宾市叙州区古罗镇同力村化匠组，小地名化匠嘴。

郑佑之故居建筑占地面积270平方米，为清末时期的地主庄园式建筑，有典型的川南民居风格。故居距叙州区区府所在地柏溪镇90公里。距离郑佑之烈士墓4公里。

郑佑之故居1989年被原宜宾县人民政府确定为县级文物保护单位。