1958年12月，应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立中国科学院微生物研究所，郑儒永担任助理研究员兼真菌室业务秘书（1959年–1965年）。

1965年—1966年，郑儒永参加“四清”工作一年。1966年—1969年，因为停产闹“革命”三年。1969年—1970年，郑儒永下乡支农一年。

1970年—1979年，郑儒永担任中国科学院微生物研究所真菌研究室助理研究员（其间1970“五七”干校一年）。

1983年，郑儒永被聘为硕士研究生导师。

1986年，郑儒永担任中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学开放研究实验室副研究员、课题组长。

1990年，郑儒永被聘为博士研究生导师。

1999年11月，郑儒永当选为中国科学院院士。

2011年3月，郑儒永担任真菌学国家重点实验室（中国科学院微生物研究所）研究员、课题组长。

郑儒永一贯致力于真菌系统的合理化与完善，研究小煤炱 Meliolales、白粉菌Erysiphales和毛霉Mucorales等目真菌多年。对中国白粉菌目的有关属种以及全世界范围内白粉菌目的所有属的全型进行了详尽的研究，澄清和订正了许多国际上有争议的问题，1985年发表了一个较为合理和接近自然的白粉菌属级分类系统，受到国际公认。与其他人合作在白粉菌的种和种下级分类中纠正了过去长期存在的大种倾向和寄主范围过大的不合理现象，并于1987年主编了中国的第一本真菌志《中国白粉菌志》。在国际上首次发现了高等植物中的内生毛霉和首次报道了中国特有的人体病原毛霉新种和新变种。

截至2016年8月，郑儒永共著书10本（主编4本），发表学术论文101篇（第一作者69篇）。

截至2016年8月，郑儒永先后以第一完成人在1984、1986、1989年分别获得中国科学院科技成果二等奖、中国科学院科技进步二等奖、中国科学院自然科学二等奖，另在1987年以参加者获得中国科学院科技进步特等奖（集体项目）。

郑儒永对学生，注重因材施教，希望能培养学生对科研的兴趣，“刚柔并济”，既秉承老师戴芳澜先生的严格，又给予细心的关怀和指导。“入门的时候，对有困难的学生要帮他们一把。科研工作十分艰苦，只有做进去，到了一定的境界，才能体会到其中的乐趣。”

1993年郑儒永担任北京医科大学真菌和真菌病研究中心医学真菌基础知识提高班《真菌分类命名原则》和《接合菌》两部分的授课教师。

截至2017年11月，郑儒永直接培养了多名硕士、博士、博士后研究生，所带的第一个博士研究生白逢彦1999年被中国科学院破格提升为研究员。

郑儒永的父亲是金融家、银行家郑铁如先生，母亲谢纫瑜是北京师范大学第一届毕业生。郑儒永的丈夫黄河也是中国科学院微生物所研究员，主要从事马铃薯晚疫病的研究，后期参加了毛霉组的生理生化分类研究。

2004年，因患骨质疏松和腰椎半滑脱症，郑儒永的脊柱被“钉上”了2根钢柱和9颗钢钉。

郑儒永毕生致力于真菌分类系统的合理化与完善，她几十年的科研生涯中硕果累累，在真菌学领域做出了巨大贡献。（中国科学院评）

郑儒永品质清廉、淡泊名利的态度和朴素简单的处世原则令人肃然起敬。（新华网评）

2012年至2018年，郑儒永院士和丈夫黄河研究员向北京海鹰脊柱健康公益基金会三次共捐款30万元，用于贫病脊柱患儿的手术治疗。

2019年4月2日，88岁的郑儒永院士和她90岁的丈夫黄河研究员，将150万元捐给中国科学院大学教育基金会，设立“郑儒永黄河奖学金”，用于激励青年科研工作者勤奋学习努力创新。郑儒永黄河奖学金设特别奖1名（奖金1万元）、一等奖5名（奖金8000元）、二等奖5名（奖金5000元），每年评审并颁奖一次。