主要科研方向：肿瘤病因及发病机制研究；肿瘤蛋白质组学；肿瘤系统生物学。

大肠肿瘤发生发展病因机制研究，主要涉及大肠癌全基因组突变、转移分子事件、遗传分子事件和寻找新基因等研究。肿瘤早期分子标志物及分子诊断研究，主要涉及利用蛋白组学技术寻找血清蛋白标志物，以及生物信息学数据分析研究。

在胃肠道、乳腺、甲状腺等恶性肿瘤的综合治疗方面有很深的造诣，具有极大的国内外影响力。在科学研究方面，承担了国家“七五”、“八五”和“九五”攻关课题，以及“863”、“973”、国家自然科学基金重点项目等省部级以上课题31项，获得国家科技进步二、三等奖，教育部科技进步一等奖，省科技进步一等奖等省部级以上奖励共30余项。发表论文600余篇，其中SCI、EI收录论文70余篇，被他人引用次数达1000余次，《中国引文数据库》检索论文被他人引用1682次。 2001年浙江省功勋教授。

数百张五彩的贺卡层层叠叠悬挂在办公室，如一条人际交往与合作的纽带。30多年不凡的科研与生活，辉煌的事业与挚热的友情在这里交融。在人生进入第75个年头时，我省著名的肿瘤专家郑树教授似乎才进入“蜜月期”。她热衷追逐的大肠癌之迷终于揭开面纱，在国家科技进步二等奖获奖名单中，她排名第一。

没有人可以怀疑她贡献的重要性以及她的聪明与魄力。

别人谈之色变的“肿瘤”，她却情有独衷，数十年如一载。哪里的人群大肠癌发病高，她就带领团队奔向哪里，数十年追踪他们的生活习惯，他们的身体健康变化；为何有些人患癌症，手术后迅速过世，而有些人却安然度日？她与前赴后继的“学生们”驻守实验室，从基因到蛋白质逐一疏理，甚至在60岁时开始学习新潮的分子学理论与方法；从呼吁人们少吃红烧鱼，到接受四条简易自我筛查方案，她和她的科研团队真正确立了大肠癌日常预防、高危筛查、治疗对策等一系列原则与方法。其间诸多创新点、闪光点集成发表了上百篇学术论文和国际国内学术报告，获得了多项科研成果奖。

郑教授思路敏捷，点击鼠标比沐浴在阳春三月的西子湖畔更让她兴奋。电脑屏幕上出现一幅图文并茂的“线路图”，线路图的起点关键词是人们习以为常的红烧鱼、绿藻水，之后是盘根错节的基因标志物，蛋白质图谱，她说：“这张图是毕生研究的粗略概括”。那些基因起着什么作用，怎么相互起作用，如何描述那些神奇的蛋白质的变化，中间不少环节还有待进一步探索。

郑教授平常一周的工作表满满当当。“我不能脱离临床，不能离开我的病人，我们也不能沉迷于获奖的喜悦，未来的路还很长，我们要有清醒的思路与方向。”

富有学术气质的郑教授突然喜形于色：这几天，我们找到了一个“标记物”，它对大肠癌的早期诊断可能十分理想，找到它识别它，分析透是我们下一步的目标。

2001年，文学大师金庸与郑树教授一见如故。大师欣然提笔书写的一幅字，如今悬挂在郑树教授办公室的墙上：“郑人高义，树木树人”；“郑树校长仁心仁术”。熟悉她的人说，这是她的写照，而郑教授谦逊地说：“这是对我的鼓励。”