郑毓信于1987年和1991年分别获英国拉卡托斯研究基金、美国联合基金会研究基金对英国和美国进行了为期一年的学术访问；自1995年起开展了多项合作研究，包括与香港大学教育学院院长梁贯成博士的合作（研究课题：“认知科学、建构主义与数学教育”，1995-98；“中国数学教育的界定”，2000-02，后一项目获香港大学中英信托基金资助），与英国伦敦大学国王学院吉利斯教授的合作（研究课题：“科学哲学、数学哲学与人工智能的相互影响和渗透”，1997-99，该项目获英国学术院资助），与台湾“中央”研究院数学研究所李国伟教授的合作（研究课题：“数学哲学中的革命”，1997-99，该项目获台湾“中央”研究院数学研究所资助）。在这一期间中郑毓信曾先后赴香港、英国、台湾等地作长期访问，并曾应邀赴意大利、荷兰、德国等国著名大学作专题学术讲演。