1996年，受聘为广西大学教授。

1999年，当选为中国工程院院士。

2000年12月，主动辞去行政领导职务，承担拱桥等一些科研课题工作。

2004年，受聘为重庆交通大学特聘教授。

2015年9月，全职受聘于广西大学土木建筑工程学院。

2024年4月，担任中国工程科技发展战略广西研究院专家委员会副主任。

1968年郑皆连首创中国双曲拱桥无支架施工新工艺，解决了不立拱架修建拱桥的难题。1976年郑皆连主持设计了广西第一座无支架施工钢筋砼箱拱桥，二十世纪七十年代中期至九十年代修建此类大桥40多座，占当时广西公路大桥总数70%。1992年建成了当时世界最大跨径的钢筋混凝土肋拱桥，郑皆连提出了千斤顶斜拉扣挂悬拼架设拱骨架技术和连续浇注拱肋外包混凝土技术，中国国内首创，广泛推广。仅广西10多年中修建此类大桥达40多座2万多延米，占当时广西公路大桥总数的70%。郑皆连对劲性骨架混凝土拱桥关键技术的研究应用于世界最大跨径铁路混凝土拱桥中。

1993至1997年郑皆连任桂柳高速公路总指挥部常务副总指挥兼总监理工程师，组织广西第一条高速公路建设。该路长138.5公里，穿越桂北架桥岭，越城岭山脉，工程艰巨在中国全国高速公路中罕见，而且又遭遇两次特大洪水袭击，在“八五”国家重点工程平均超概算91%的情况下，仍然控制在1993年交通部批准的概算内，每公里造价仅1340万元，为中国全国山区高速公路中最低。经交工验收，单位工程优良率达92%，工期提前5个月通车，光是优化设计方面，就节约投资2亿多元。实现了较大的社会效益和经济效益。

郑皆连注重应用型人才培养，主张产学研结合，将理论知识和工程实践相融合。在郑皆连的推动下，广西大学公路与城市道路专业1987年首次招生。1996年郑皆连在广西大学培养桥梁结构博士生。2015年9月郑皆连全职受聘于广西大学土木建筑工程学院，指导高水平桥梁工程学科创新团队及人才队伍建设工作。

郑皆连，一个视路桥建设为生命，在拱桥建设事业中倾注毕生心血，破解了拱桥建设千年难题的工程师。他参与广西公路桥梁建设，为广西拱桥发展创造一个又一个神话的过程，就是广西拱桥建设在中国拱桥王国中崛起，广西公路交通日益发展壮大的历史。（交通部科学研究院 评）

郑皆连原创技术提高了拱桥质量，降低了造价和施工风险，获得行业认可。以其原创技术为支撑，广西路桥施工也走出广西，在全国竞争中立于不败之地。（广西新闻网 评）