明神宗万历四十八年（1620年），芝虎年方十四，与兄芝龙，同为其父逐出家门，流浪至澳门，再至日本，与芝龙感情最笃；芝虎勇猛果敢，武艺过人，辅佐芝龙，在海上称雄，屡建战功。当时，江湖有“龙智虎勇”之誉。

明思宗崇祯元年（1628年），芝龙投降明朝，任厦门水师游击。

明思宗崇祯八年（1635年），芝龙以明水师提督之职，攻打其海盗刘香，芝虎随征，战刘香于广东海上，“口含钢刀，手持藤盾牌，船尾绳荡跃”跳至刘香船上格斗，“格盗殆尽”几乎杀光刘香手下海盗。却大意中伏，遭到渔网网住掷入海里，溺毙。芝龙哀痛万般，为之昏厥。刘香则为芝龙所败，自杀。

事后，芝龙与潜水夫同潜，欲寻芝虎尸，不获。

清初，殉身之地虎门，有郑芝虎庙，据说颇为灵验。